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tatum木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于DS對接時輔酶的處理 已有1人參與
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請教大家個問題，在使用discovery studio進行對接時，有些酶，例如醇脫氫酶，轉(zhuǎn)氨酶等，帶有輔酶NAD或者PLP，在對接的時候，怎么處理的？ 例如轉(zhuǎn)氨酶 1M32，pdb中帶有PLP輔酶，這個輔酶和配體同時存在于活性口袋，在反應(yīng)時要參與反應(yīng)。 但是，我在對接的時候，如果保留PLP，再與其它配體進行對接，只有LiDock可以進行下去，Gold和CDock都會報錯，只有刪掉PLP之后才能繼續(xù)進行對接，但刪掉PLP的對接結(jié)果可能與實際情況差別很大。 請問大家是怎么做的，是不是我操作有誤？ |
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2樓2019-11-12 12:05:57
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
4樓2020-01-03 14:27:08
tatum
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 綠色有機化學(xué)
5樓2020-01-03 19:21:41
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