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tatum木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于DS對(duì)接時(shí)輔酶的處理 已有1人參與
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請(qǐng)教大家個(gè)問題，在使用discovery studio進(jìn)行對(duì)接時(shí)，有些酶，例如醇脫氫酶，轉(zhuǎn)氨酶等，帶有輔酶NAD或者PLP，在對(duì)接的時(shí)候，怎么處理的？ 例如轉(zhuǎn)氨酶 1M32，pdb中帶有PLP輔酶，這個(gè)輔酶和配體同時(shí)存在于活性口袋，在反應(yīng)時(shí)要參與反應(yīng)。 但是，我在對(duì)接的時(shí)候，如果保留PLP，再與其它配體進(jìn)行對(duì)接，只有LiDock可以進(jìn)行下去，Gold和CDock都會(huì)報(bào)錯(cuò)，只有刪掉PLP之后才能繼續(xù)進(jìn)行對(duì)接，但刪掉PLP的對(duì)接結(jié)果可能與實(shí)際情況差別很大。 請(qǐng)問大家是怎么做的，是不是我操作有誤？ |
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2樓2019-11-12 12:05:57
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3樓2020-01-02 11:18:02
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4樓2020-01-03 14:27:08
tatum
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5樓2020-01-03 19:21:41
tatum
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6樓2020-01-03 19:22:04
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7樓2020-01-04 16:30:54
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8樓2020-01-08 10:47:57
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9樓2020-01-09 14:45:02
xxxx666
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10樓2020-03-04 22:14:24
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