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tatum木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
關(guān)于DS對(duì)接時(shí)輔酶的處理 已有1人參與
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請(qǐng)教大家個(gè)問(wèn)題，在使用discovery studio進(jìn)行對(duì)接時(shí)，有些酶，例如醇脫氫酶，轉(zhuǎn)氨酶等，帶有輔酶NAD或者PLP，在對(duì)接的時(shí)候，怎么處理的？ 例如轉(zhuǎn)氨酶 1M32，pdb中帶有PLP輔酶，這個(gè)輔酶和配體同時(shí)存在于活性口袋，在反應(yīng)時(shí)要參與反應(yīng)。 但是，我在對(duì)接的時(shí)候，如果保留PLP，再與其它配體進(jìn)行對(duì)接，只有LiDock可以進(jìn)行下去，Gold和CDock都會(huì)報(bào)錯(cuò)，只有刪掉PLP之后才能繼續(xù)進(jìn)行對(duì)接，但刪掉PLP的對(duì)接結(jié)果可能與實(shí)際情況差別很大。 請(qǐng)問(wèn)大家是怎么做的，是不是我操作有誤？ |
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tatum
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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- 專業(yè): 綠色有機(jī)化學(xué)
5樓2020-01-03 19:21:41
2樓2019-11-12 12:05:57
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
4樓2020-01-03 14:27:08
tatum
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
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6樓2020-01-03 19:22:04
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