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青澀的小學(xué)弟新蟲 (初入文壇)
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關(guān)于dmol3計(jì)算表面吸附分子電荷轉(zhuǎn)移的問題請(qǐng)教
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請(qǐng)問高手，在用dmol3模擬小分子表面吸附的過程時(shí)，電荷轉(zhuǎn)移具體是怎么得到的？ 我重復(fù)了MoS2吸附氣體小分子的論文，用論文里的方法計(jì)算的結(jié)構(gòu)和吸附能都符合，只有電荷轉(zhuǎn)移與論文中的結(jié)果不符。論文也是用的Hirshfeld計(jì)算的。 我在計(jì)算時(shí)，是勾選了population analysis——Hirshfeld analysis—— charge ——run 然后在outmol中直接將Hirshfeld 下面charge 的讀數(shù)與文獻(xiàn)中作對(duì)比，每次都符合不上。想請(qǐng)問一下 ，實(shí)際是的電荷轉(zhuǎn)移是怎么得到的，是有什么式子嗎？？ 就比如我只算一個(gè)小分子的電荷轉(zhuǎn)移，都與文獻(xiàn)的結(jié)果差很多，下面是我算用GGA-PBE算的一個(gè)H2S在格子里的電荷轉(zhuǎn)移，直接找到outmol中的Hirshfeld分析 Charge partitioning by Hirshfeld method: ( 0.0005 -0.0000) H 1 charge spin 0.0495 -0.0000 H 2 charge spin 0.0495 0.0000 S 3 charge spin -0.0985 0.0000 請(qǐng)問，我能直接說S原子帶-0.0985的負(fù)電荷嗎？ 基礎(chǔ)比較薄弱，這個(gè)問題困擾好幾天了，請(qǐng)高手指教 |
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 MS計(jì)算模擬 |
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2樓2019-09-06 11:18:18
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1、分子不用放到格子里面。 2、MS版本不同結(jié)果可能會(huì)有些許差異，對(duì)于Hirshfeld應(yīng)該不會(huì)很敏感。 |
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4樓2019-09-07 04:59:14
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那個(gè)是分子帶的凈電荷量（也就是分子各個(gè)原子布居分析得到的電子數(shù)目減去原子核電荷數(shù)），然后需要對(duì)相互作用前后的這個(gè)量進(jìn)行做差得到的才是電荷轉(zhuǎn)移的量。 不過既然是布居分析，那么劃分的方法不同結(jié)果總是會(huì)有些差異，其實(shí)不妨看看電荷密度差的情況結(jié)合來說明。 |
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6樓2019-09-07 13:41:45
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7樓2019-09-08 10:16:36
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就是電荷密度差，即charge density difference，不是Total density 、Deformation density、Spin density，這個(gè)你得想辦法把相互作用的片段用相同精度、相同基組、相同截?cái)喟霃�、相同k點(diǎn)、相同周期性邊界、相同的格點(diǎn)密度分別進(jìn)行計(jì)算后得到的grd文件進(jìn)行做差得到。 |
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8樓2019-09-08 11:25:23
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9樓2019-09-09 16:30:06
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