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腿毛王子新蟲 (初入文壇)
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[交流]
小分子修飾與分子對(duì)接
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新手在學(xué)習(xí)docking剛開始有好多不懂的[哭惹R]目前在學(xué)的是autodock vina。 想要求助大家?guī)讉(gè)問題: 1??大家在對(duì)先導(dǎo)化合物或者活性小分子修飾改造的時(shí)候會(huì)提前進(jìn)行對(duì)接嗎 2??如果靶點(diǎn)變了怎么辦呀 3??還有就是如何才能知道靶蛋白的活性口袋呀,是不是針對(duì)活性口袋對(duì)小分子進(jìn)行修飾更高效呀 4??對(duì)于未知靶點(diǎn)的小分子怎么才能知道它的靶蛋白呀 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
新蟲 (小有名氣)
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1.會(huì)提前進(jìn)行對(duì)接 2.靶點(diǎn)變了?是脫靶還是變成了同源家族蛋白的選擇性抑制劑/激動(dòng)劑。新靶點(diǎn)和舊靶點(diǎn)可以都對(duì)一下 3.靶蛋白的活性口袋可以查文獻(xiàn)在軟件內(nèi)自定義(我沒用過autodock vina但是用過一些其他的對(duì)接軟件),如果沒有相關(guān)報(bào)道可以利用軟件的功能自動(dòng)搜尋潛在結(jié)合口袋。一般只有進(jìn)行過初步的構(gòu)效關(guān)系討論(指合成過十個(gè)以上類似物并測(cè)過活性)之后驗(yàn)證得到的對(duì)接才是可靠的,所以一上來就參照對(duì)接進(jìn)行化合物改造并不靠譜,甚至?xí)邚澛贰?br /> 4.未知靶點(diǎn)的小分子emmmm,如果做的是激酶靶點(diǎn)的話可以去做個(gè)激酶譜篩選,但是我們一般都是先確定靶點(diǎn)再篩選小分子的。知道小分子再去識(shí)別靶點(diǎn)這種一般是研究天然產(chǎn)物的會(huì)比較多。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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