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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 藥學 » 藥物化學 » 小分子修飾與分子對接
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[交流]
小分子修飾與分子對接
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新手在學習docking剛開始有好多不懂的[哭惹R]目前在學的是autodock vina。 想要求助大家?guī)讉�問題： 1??大家在對先導化合物或者活性小分子修飾改造的時候會提前進行對接嗎 2??如果靶點變了怎么辦呀 3??還有就是如何才能知道靶蛋白的活性口袋呀，是不是針對活性口袋對小分子進行修飾更高效呀 4??對于未知靶點的小分子怎么才能知道它的靶蛋白呀 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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3樓2024-05-11 21:29:27
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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1.會提前進行對接 2.靶點變了?是脫靶還是變成了同源家族蛋白的選擇性抑制劑/激動劑。新靶點和舊靶點可以都對一下 3.靶蛋白的活性口袋可以查文獻在軟件內自定義（我沒用過autodock vina但是用過一些其他的對接軟件），如果沒有相關報道可以利用軟件的功能自動搜尋潛在結合口袋。一般只有進行過初步的構效關系討論（指合成過十個以上類似物并測過活性）之后驗證得到的對接才是可靠的，所以一上來就參照對接進行化合物改造并不靠譜，甚至會走彎路。 4.未知靶點的小分子emmmm，如果做的是激酶靶點的話可以去做個激酶譜篩選，但是我們一般都是先確定靶點再篩選小分子的。知道小分子再去識別靶點這種一般是研究天然產(chǎn)物的會比較多。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2024-08-13 10:30:28
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