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腿毛王子新蟲 (初入文壇)
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[交流]
小分子修飾與分子對接
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新手在學(xué)習(xí)docking剛開始有好多不懂的[哭惹R]目前在學(xué)的是autodock vina。 想要求助大家?guī)讉�問題： 1??大家在對先導(dǎo)化合物或者活性小分子修飾改造的時候會提前進行對接嗎 2??如果靶點變了怎么辦呀 3??還有就是如何才能知道靶蛋白的活性口袋呀，是不是針對活性口袋對小分子進行修飾更高效呀 4??對于未知靶點的小分子怎么才能知道它的靶蛋白呀 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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2樓2024-04-15 20:25:08
3樓2024-05-11 21:29:27
haha一喵
新蟲 (小有名氣)
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- 在線: 4.3小時
- 蟲號: 29009543
- 注冊: 2022-03-08
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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1.會提前進行對接 2.靶點變了?是脫靶還是變成了同源家族蛋白的選擇性抑制劑/激動劑。新靶點和舊靶點可以都對一下 3.靶蛋白的活性口袋可以查文獻在軟件內(nèi)自定義（我沒用過autodock vina但是用過一些其他的對接軟件），如果沒有相關(guān)報道可以利用軟件的功能自動搜尋潛在結(jié)合口袋。一般只有進行過初步的構(gòu)效關(guān)系討論（指合成過十個以上類似物并測過活性）之后驗證得到的對接才是可靠的，所以一上來就參照對接進行化合物改造并不靠譜，甚至?xí)邚澛贰?br /> 4.未知靶點的小分子emmmm，如果做的是激酶靶點的話可以去做個激酶譜篩選，但是我們一般都是先確定靶點再篩選小分子的。知道小分子再去識別靶點這種一般是研究天然產(chǎn)物的會比較多。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2024-08-13 10:30:28
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