 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1175 | 回復: 1 | |||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者876576024kun將贈送您 20 個金幣 | |||
876576024kun新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
H++輸出的Amber力場文件，如何使用Gromacs進行模擬嗎？
|
||
|
Gromacs進行計算機模擬時，如法像Amber那樣進行恒定pH模擬。因此，為了模擬不同pH條件下的蛋白質情況，可以通過蛋白質表面氨基酸的質子化狀態(tài)模擬不同的pH條件。H++網站（https://biophysics.cs.vt.edu/）可以預測氨基酸的pKa值和設定不同pH條件下的蛋白質的質子化情況。但是輸出的文件是Amber力場的文件，Gromacs識別不了，進行pdb2gmx 命令時，始終報錯。不知道各位知不知道怎么解決，一篇論文中提到“The H ++ server automated the addition of missing protons to the PDB structures based on predicted pKs of titratable groups, and to generate basic topology MD simulations in the AMBER format. Then, the PDB2PQR version 2.0 applying the AMBER force-field and PROPKA was utilized to assess the charge, radius and deprotonation states at all specified pHs. Hydrogen atoms were added to the heavy and non-ionizable atoms of the pH-specified models, while steric hindrances and hydrogen-bond networks were resolved and optimized, respectively (Ghaderi et al., 2016). It is worth noting here, the PDB2PQR step is crucial for facilitating the setup and execution of continuum electrostatics calculations from the PDB data.” 請求各位，不知道你們是怎么模擬Gmx的不同pH條件的。 |
回復此樓» 猜你喜歡
德國亥姆霍茲Hereon中心招收兩位醫(yī)用鎂合金腐蝕與LPSO相變方向2026公派博士生
已經有0人回復
-
推薦一款可以AI輔助寫作的Latex編輯器SmartLatexEditor，超級好用，推薦試試
已經有11人回復
-
物理學I論文潤色/翻譯怎么收費?
已經有211人回復
-
2026-CJ開始申報了
已經有1人回復
-
西安電子科學大學杭州研究院劉麗香教授招收智能多模態(tài)傳感器和微型儲能器件方向博士
已經有13人回復
-
重慶交通大學光子學微結構與器件課題組招收2026年碩士研究生信息
已經有1人回復
-
一志愿鄭大材料學碩298分，求調劑
已經有6人回復
-
尋合作：應力腐蝕多尺度模擬
已經有2人回復
|
本帖內容被屏蔽 |
2樓2021-07-13 16:21:01
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 876576024kun 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0854總分272 +5 | 打小就是老實人 2026-03-02 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化學 0703求調劑 總分293 一志愿211 +3 | 土土小蟲 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學306調劑 +4 | 26要上岸 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 理學，工學，農學調劑，少走彎路，這里歡迎您！ +8 | likeihood 2026-03-02 | 11/550 |
|
|
|
[考研]
材料270求調劑
 6+6
|
Eiiiio 2026-03-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 267求調劑 +6 | 釣魚佬as 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
材料工程專碩283求調劑
5+8
|
，��？ 2026-03-02 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 調劑 +5 | 13853210211 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[論文投稿]
通訊作者寫誰，問題是你意想不到的問題
15+3
|
阿爾法啊 2026-03-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856調劑 +10 | 劉夢微 2026-02-28 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 290分材料工程085601求調劑 數二英一 +8 | llx0610 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856材料求調劑 +12 | hyf hyf hyf 2026-02-28 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 0856求調劑285 +11 | 呂仔龍 2026-02-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 302材料工程求調劑 +5 | Doleres 2026-03-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料085601調劑 +5 | 多多子. 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 264求調劑 +4 | 巴拉巴拉根556 2026-02-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調劑 +3 | 13853210211 2026-03-02 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請]
 本子寫完了，給DS兄弟看了，得了92分
+3
|
Doma 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +9 | 材料專碩調劑； 2026-02-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 307求調劑 +4 | 73372112 2026-02-28 | 6/300 |
|