 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1176 | 回復(fù): 1 | |||
| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者876576024kun將贈(zèng)送您 20 個(gè)金幣 | |||
876576024kun新蟲(chóng) (初入文壇)
|
[求助]
H++輸出的Amber力場(chǎng)文件，如何使用Gromacs進(jìn)行模擬嗎？
|
||
|
Gromacs進(jìn)行計(jì)算機(jī)模擬時(shí)，如法像Amber那樣進(jìn)行恒定pH模擬。因此，為了模擬不同pH條件下的蛋白質(zhì)情況，可以通過(guò)蛋白質(zhì)表面氨基酸的質(zhì)子化狀態(tài)模擬不同的pH條件。H++網(wǎng)站（https://biophysics.cs.vt.edu/）可以預(yù)測(cè)氨基酸的pKa值和設(shè)定不同pH條件下的蛋白質(zhì)的質(zhì)子化情況。但是輸出的文件是Amber力場(chǎng)的文件，Gromacs識(shí)別不了，進(jìn)行pdb2gmx 命令時(shí)，始終報(bào)錯(cuò)。不知道各位知不知道怎么解決，一篇論文中提到“The H ++ server automated the addition of missing protons to the PDB structures based on predicted pKs of titratable groups, and to generate basic topology MD simulations in the AMBER format. Then, the PDB2PQR version 2.0 applying the AMBER force-field and PROPKA was utilized to assess the charge, radius and deprotonation states at all specified pHs. Hydrogen atoms were added to the heavy and non-ionizable atoms of the pH-specified models, while steric hindrances and hydrogen-bond networks were resolved and optimized, respectively (Ghaderi et al., 2016). It is worth noting here, the PDB2PQR step is crucial for facilitating the setup and execution of continuum electrostatics calculations from the PDB data.” 請(qǐng)求各位，不知道你們是怎么模擬Gmx的不同pH條件的。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
德國(guó)亥姆霍茲Hereon中心招收兩位醫(yī)用鎂合金腐蝕與LPSO相變方向2026公派博士生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
推薦一款可以AI輔助寫(xiě)作的Latex編輯器SmartLatexEditor，超級(jí)好用，推薦試試
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
物理學(xué)I論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有101人回復(fù)
-
2026-CJ開(kāi)始申報(bào)了
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
西安電子科學(xué)大學(xué)杭州研究院劉麗香教授招收智能多模態(tài)傳感器和微型儲(chǔ)能器件方向博士
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
重慶交通大學(xué)光子學(xué)微結(jié)構(gòu)與器件課題組招收2026年碩士研究生信息
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
一志愿鄭大材料學(xué)碩298分，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
尋合作：應(yīng)力腐蝕多尺度模擬
已經(jīng)有2人回復(fù)
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2021-07-13 16:21:01
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 876576024kun 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化學(xué) 0703求調(diào)劑 總分293 一志愿211 +3 | 土土小蟲(chóng) 2026-03-03 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 學(xué)碩材料275調(diào)劑 +4 | 路三三 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +8 | chenhanheng 2026-03-02 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)306調(diào)劑 +4 | 26要上岸 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
[考研] 085700資環(huán)求調(diào)劑，初始279，六級(jí)已過(guò)，英語(yǔ)能力強(qiáng) +3 | 085700資環(huán)調(diào)劑 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0805總分292，求調(diào)劑 +12 | 幻想之殤 2026-03-01 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程專(zhuān)碩307求調(diào)劑 +3 | ccc! 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 281電子信息求調(diào)劑 +3 | jhtfeybgj 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程求調(diào)劑 +3 | 1431251 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0857調(diào)劑 +6 | 一ll半 2026-02-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +4 | wxz2 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +4 | Ricardo1113 2026-03-02 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +7 | axyz3 2026-02-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 【2026 碩士調(diào)劑】課題組 招收調(diào)劑生 +3 | 考研版棒棒 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 290分材料工程085601求調(diào)劑 數(shù)二英一 +8 | llx0610 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑。一志愿報(bào)考鄭州大學(xué)化學(xué)工藝學(xué)碩，總分295分 +8 | yl1 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑285 +11 | 呂仔龍 2026-02-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328求調(diào)劑 +3 | 。，。，。，。i 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 熬夜的貓頭鷹 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 簡(jiǎn)木ChuFront 2026-02-28 | 3/150 |
|