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876576024kun新蟲 (初入文壇)
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[求助]
H++輸出的Amber力場文件，如何使用Gromacs進(jìn)行模擬嗎？
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Gromacs進(jìn)行計算機(jī)模擬時，如法像Amber那樣進(jìn)行恒定pH模擬。因此，為了模擬不同pH條件下的蛋白質(zhì)情況，可以通過蛋白質(zhì)表面氨基酸的質(zhì)子化狀態(tài)模擬不同的pH條件。H++網(wǎng)站（https://biophysics.cs.vt.edu/）可以預(yù)測氨基酸的pKa值和設(shè)定不同pH條件下的蛋白質(zhì)的質(zhì)子化情況。但是輸出的文件是Amber力場的文件，Gromacs識別不了，進(jìn)行pdb2gmx 命令時，始終報錯。不知道各位知不知道怎么解決，一篇論文中提到“The H ++ server automated the addition of missing protons to the PDB structures based on predicted pKs of titratable groups, and to generate basic topology MD simulations in the AMBER format. Then, the PDB2PQR version 2.0 applying the AMBER force-field and PROPKA was utilized to assess the charge, radius and deprotonation states at all specified pHs. Hydrogen atoms were added to the heavy and non-ionizable atoms of the pH-specified models, while steric hindrances and hydrogen-bond networks were resolved and optimized, respectively (Ghaderi et al., 2016). It is worth noting here, the PDB2PQR step is crucial for facilitating the setup and execution of continuum electrostatics calculations from the PDB data.” 請求各位，不知道你們是怎么模擬Gmx的不同pH條件的。 |
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2樓2021-07-13 16:21:01
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