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樂石||木蟲 (正式寫手)
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[交流]
LAMMPS, CHARMM-gen force field, topology file builder, PDB to DATA 已有1人參與
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可能有時候大家會覺得有機(jī)物的data結(jié)構(gòu)文件搭建比較費時，所以會用一些軟件進(jìn)行從pdb到data的自動轉(zhuǎn)換。但是，MS也好，其他軟件也好，總有找不到信息的時候，因為ff數(shù)據(jù)庫不可能涵蓋所有原子種類。Amber會稍好一些, 因為它只關(guān)心原子和幾個原子相連，不太關(guān)心和誰相連，但是這樣可能會降低準(zhǔn)確度。如果你用charmm ff的話，可以參照我寫的python代碼。力場參數(shù)文件為par_all36_cgenff.prm。 https://github.com/yangl9/topobuilder/ 該代碼也只能夠?qū)崿F(xiàn)從pdb到data轉(zhuǎn)換的半自動化。因為任何時候，par_all36_cgenff.prm是不能給出所有原子種類信息的，這種參數(shù)測試工作太耗時了。這時我們需要做一些比較靠譜的近似，cgenff就可以給出和你想要的結(jié)構(gòu)差不多的而且存在于par_all36_cgenff.prm文件中的立場參數(shù)。但是問題在于cgenff有時給出的信息也非常不靠譜，比如penalty超過50.（ https://cgenff.paramchem.org/commonFiles/newsEvents.php）這時我們需要手動更正一些信息，這就是半自動化。 我的代碼能夠自動從par_all36_cgenff.prm搜取已存在的信息，而對于那些不存在的，允許手動輸入。當(dāng)你輸入鍵的信息之后，代碼會根據(jù)所輸入鍵（1-2）的信息去找其所對應(yīng)的角的力場參數(shù)（1-2-3）；如果你輸入了角（1-2-3）的信息，代碼會根據(jù)所輸入角的信息去找相關(guān)dihedral的力場參數(shù)（1-2-3-4）。（如果存在一個dihedral對應(yīng)多行信息的情況，也需要去手動更正。） 有任何問題歡迎隨時反饋，郵箱請見代碼首行。 18.03.2019 |
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樂石||
木蟲 (正式寫手)
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3樓2019-05-23 10:37:04
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木蟲 (正式寫手)
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2樓2019-05-15 21:12:36
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