 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1419 | 回復(fù): 2 | |||
樂石||木蟲 (正式寫手)
|
[交流]
LAMMPS, CHARMM-gen force field, topology file builder, PDB to DATA 已有1人參與
|
|
可能有時(shí)候大家會(huì)覺得有機(jī)物的data結(jié)構(gòu)文件搭建比較費(fèi)時(shí)，所以會(huì)用一些軟件進(jìn)行從pdb到data的自動(dòng)轉(zhuǎn)換。但是，MS也好，其他軟件也好，總有找不到信息的時(shí)候，因?yàn)閒f數(shù)據(jù)庫(kù)不可能涵蓋所有原子種類。Amber會(huì)稍好一些, 因?yàn)樗魂P(guān)心原子和幾個(gè)原子相連，不太關(guān)心和誰(shuí)相連，但是這樣可能會(huì)降低準(zhǔn)確度。如果你用charmm ff的話，可以參照我寫的python代碼。力場(chǎng)參數(shù)文件為par_all36_cgenff.prm。 https://github.com/yangl9/topobuilder/ 該代碼也只能夠?qū)崿F(xiàn)從pdb到data轉(zhuǎn)換的半自動(dòng)化。因?yàn)槿魏螘r(shí)候，par_all36_cgenff.prm是不能給出所有原子種類信息的，這種參數(shù)測(cè)試工作太耗時(shí)了。這時(shí)我們需要做一些比較靠譜的近似，cgenff就可以給出和你想要的結(jié)構(gòu)差不多的而且存在于par_all36_cgenff.prm文件中的立場(chǎng)參數(shù)。但是問題在于cgenff有時(shí)給出的信息也非常不靠譜，比如penalty超過50.（ https://cgenff.paramchem.org/commonFiles/newsEvents.php）這時(shí)我們需要手動(dòng)更正一些信息，這就是半自動(dòng)化。 我的代碼能夠自動(dòng)從par_all36_cgenff.prm搜取已存在的信息，而對(duì)于那些不存在的，允許手動(dòng)輸入。當(dāng)你輸入鍵的信息之后，代碼會(huì)根據(jù)所輸入鍵（1-2）的信息去找其所對(duì)應(yīng)的角的力場(chǎng)參數(shù)（1-2-3）；如果你輸入了角（1-2-3）的信息，代碼會(huì)根據(jù)所輸入角的信息去找相關(guān)dihedral的力場(chǎng)參數(shù)（1-2-3-4）。（如果存在一個(gè)dihedral對(duì)應(yīng)多行信息的情況，也需要去手動(dòng)更正。） 有任何問題歡迎隨時(shí)反饋，郵箱請(qǐng)見代碼首行。 18.03.2019 |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
Nater1ver» 猜你喜歡
A區(qū)一本交叉課題組，低分調(diào)劑，招收機(jī)械電子信息通信等交叉方向
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工，291，求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿東北大學(xué)080500，英一數(shù)二343分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
274環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
申博
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
283求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
328求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
Nater1ver
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 3450.4
- 紅花: 14
- 帖子: 761
- 在線: 47.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1526557
- 注冊(cè): 2011-12-06
- 專業(yè): 遙感機(jī)理與方法
2樓2019-05-15 21:12:36
樂石||
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 2416.4
- 散金: 538
- 紅花: 9
- 帖子: 977
- 在線: 807.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1474843
- 注冊(cè): 2011-11-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 半導(dǎo)體材料
3樓2019-05-23 10:37:04
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 樂石|| 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +6 | 啊歐歐歐 2026-03-03 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 080500材料科學(xué)與工程 +10 | 202114020319 2026-03-03 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，學(xué)校研究所都可以，材料與化工267分 +3 | wmx1 2026-03-05 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料277分求調(diào)劑 +9 | 飯飯星球 2026-03-04 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工（高分子）290分求調(diào)劑 +8 | wengyujian 2026-03-04 | 8/400 |
|
|
|
[論文投稿]
 主編終審卡者不動(dòng)
 100+4
|
Stray2021 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +7 | 柒槿levana 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩材料275調(diào)劑 +9 | 路三三 2026-03-03 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工求調(diào)劑！ +3 | 化工考生111 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +9 | yhk_819 2026-02-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 280分 +10 | yyqqhh 2026-03-03 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩318求調(diào)劑 +15 | February_Feb 2026-03-01 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 材料工程求調(diào)劑 +3 | 1431251 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0854復(fù)試調(diào)劑 276 +5 | wmm9 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +10 | 人間唯你是清歡 2026-02-28 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 材料工程274求調(diào)劑 +5 | Lilithan 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +7 | 明遠(yuǎn)求學(xué) 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +6 | 愛擦汗的可樂冰 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 成果系統(tǒng)訪問量大，請(qǐng)一小時(shí)后再嘗試。---NSFC啥時(shí)候好哦，已經(jīng)兩天這樣了 +4 | NSFC2026我來了 2026-02-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +9 | 南迦720 2026-02-28 | 10/500 |
|