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樂(lè)石||木蟲 (正式寫手)
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[交流]
LAMMPS, CHARMM-gen force field, topology file builder, PDB to DATA 已有1人參與
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可能有時(shí)候大家會(huì)覺(jué)得有機(jī)物的data結(jié)構(gòu)文件搭建比較費(fèi)時(shí)，所以會(huì)用一些軟件進(jìn)行從pdb到data的自動(dòng)轉(zhuǎn)換。但是，MS也好，其他軟件也好，總有找不到信息的時(shí)候，因?yàn)閒f數(shù)據(jù)庫(kù)不可能涵蓋所有原子種類。Amber會(huì)稍好一些, 因?yàn)樗魂P(guān)心原子和幾個(gè)原子相連，不太關(guān)心和誰(shuí)相連，但是這樣可能會(huì)降低準(zhǔn)確度。如果你用charmm ff的話，可以參照我寫的python代碼。力場(chǎng)參數(shù)文件為par_all36_cgenff.prm。 https://github.com/yangl9/topobuilder/ 該代碼也只能夠?qū)崿F(xiàn)從pdb到data轉(zhuǎn)換的半自動(dòng)化。因?yàn)槿魏螘r(shí)候，par_all36_cgenff.prm是不能給出所有原子種類信息的，這種參數(shù)測(cè)試工作太耗時(shí)了。這時(shí)我們需要做一些比較靠譜的近似，cgenff就可以給出和你想要的結(jié)構(gòu)差不多的而且存在于par_all36_cgenff.prm文件中的立場(chǎng)參數(shù)。但是問(wèn)題在于cgenff有時(shí)給出的信息也非常不靠譜，比如penalty超過(guò)50.（ https://cgenff.paramchem.org/commonFiles/newsEvents.php）這時(shí)我們需要手動(dòng)更正一些信息，這就是半自動(dòng)化。 我的代碼能夠自動(dòng)從par_all36_cgenff.prm搜取已存在的信息，而對(duì)于那些不存在的，允許手動(dòng)輸入。當(dāng)你輸入鍵的信息之后，代碼會(huì)根據(jù)所輸入鍵（1-2）的信息去找其所對(duì)應(yīng)的角的力場(chǎng)參數(shù)（1-2-3）；如果你輸入了角（1-2-3）的信息，代碼會(huì)根據(jù)所輸入角的信息去找相關(guān)dihedral的力場(chǎng)參數(shù)（1-2-3-4）。（如果存在一個(gè)dihedral對(duì)應(yīng)多行信息的情況，也需要去手動(dòng)更正。） 有任何問(wèn)題歡迎隨時(shí)反饋，郵箱請(qǐng)見(jiàn)代碼首行。 18.03.2019 |
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2樓2019-05-15 21:12:36
樂(lè)石||
木蟲 (正式寫手)
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