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畢合生物2024銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
實(shí)驗(yàn)前的常見問題與預(yù)防措施💭
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1. DNA樣本質(zhì)量問題及預(yù)防方法 DNA質(zhì)量直接關(guān)系到酶切效率,這可不是開玩笑的!上個(gè)月我們實(shí)驗(yàn)室有個(gè)小師妹因?yàn)镈NA樣本質(zhì)量差,重復(fù)了整整三次實(shí)驗(yàn)都沒成功,簡直崩潰😭 常見問題: DNA樣本中含有蛋白質(zhì)、RNA或其他雜質(zhì) DNA降解嚴(yán)重 DNA含有酚、氯仿等提取試劑殘留 預(yù)防措施: 提取DNA時(shí)嚴(yán)格按照標(biāo)準(zhǔn)流程操作,避免交叉污染 使用新鮮的RNase處理去除RNA雜質(zhì) 最后一步洗滌務(wù)必充分,去除殘留試劑 劃重點(diǎn)! DNA純度A260/A280比值應(yīng)在1.8-2.0之間,低于1.8說明蛋白質(zhì)污染,高于2.0可能存在RNA污染!測量濃度時(shí),建議使用Nanodrop和瓊脂糖凝膠電泳雙重驗(yàn)證樣本質(zhì)量 寶藏建議: 在酶切前先進(jìn)行DNA純化預(yù)處理!我常用的方法是用聚乙二醇(PEG)沉淀法進(jìn)行二次純化,效果簡直不要太好! 2. 酶活性下降的原因及檢測方法 還記得我第一次獨(dú)立做雙酶切實(shí)驗(yàn)嗎?結(jié)果酶切效率極低,后來才發(fā)現(xiàn)是酶活性問題,現(xiàn)在我每次實(shí)驗(yàn)前都會(huì)先檢查酶活性! 常見原因: 酶儲(chǔ)存不當(dāng),反復(fù)凍融 酶過期或質(zhì)量問題 反應(yīng)體系中含有抑制劑 檢測方法: 使用已知可被該酶切割的DNA進(jìn)行平行對(duì)照試驗(yàn) 檢查酶的儲(chǔ)存溫度記錄 查看酶的生產(chǎn)日期和失效日期 劃重點(diǎn)! 限制性內(nèi)切酶對(duì)溫度極為敏感!取用時(shí)務(wù)必放在冰上操作,每次使用后立即放回-20℃冰箱,避免在室溫下放置超過5分鐘!❄️ 寶藏建議: 我們實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)在都會(huì)做"酶活性月檢",每月用標(biāo)準(zhǔn)底物檢測一次關(guān)鍵酶的活性并記錄,這樣可以及時(shí)發(fā)現(xiàn)問題酶,避免實(shí)驗(yàn)失敗 3. 非特異性切割的產(chǎn)生原因及避免技巧 這個(gè)問題真的超煩人!上學(xué)期我們組有個(gè)博士生的克隆實(shí)驗(yàn)總是失敗,最后發(fā)現(xiàn)就是因?yàn)榉翘禺愋郧懈顚?dǎo)致的! 產(chǎn)生原因: Star activity(星狀活性):酶在非最適條件下切割非特異位點(diǎn) 酶用量過高,導(dǎo)致降解性切割 反應(yīng)時(shí)間過長 DNA甲基化干擾了酶識(shí)別位點(diǎn) 避免技巧: 嚴(yán)格遵循酶供應(yīng)商推薦的反應(yīng)條件 精確計(jì)算酶的用量,避免過量 控制反應(yīng)時(shí)間,必要時(shí)做時(shí)間梯度預(yù)實(shí)驗(yàn) 考慮使用甲基化不敏感的同源酶 劃重點(diǎn)! 高質(zhì)量限制性內(nèi)切酶的專一性很高,但在甘油濃度高、pH不合適、Mg²⁺濃度異常時(shí)都可能產(chǎn)生Star activity!使用酶時(shí),甘油終濃度不要超過5%! 寶藏建議: 雙酶切時(shí),先用切割效率較高的那個(gè)酶進(jìn)行反應(yīng),再用另一個(gè)酶,而不是一次加入兩種酶!我發(fā)現(xiàn)這樣可以大大降低非特異性切割的發(fā)生概率 4. 污染源識(shí)別與防控措施 這是我們實(shí)驗(yàn)室的"老大難"問題!有次我們組連續(xù)兩周的實(shí)驗(yàn)都因?yàn)槲廴径。詈蟀l(fā)現(xiàn)是移液器被污染了 常見污染源: 核酸酶污染,特別是RNase和DNase 實(shí)驗(yàn)器材交叉污染 操作者手套污染 試劑污染 防控措施: 使用DEPC處理的水和無核酸酶的試劑 實(shí)驗(yàn)前用75%酒精擦拭工作臺(tái) 定期對(duì)移液器進(jìn)行滅菌處理 勤換手套,避免接觸可能含有核酸酶的物品 劃重點(diǎn)! 人手是核酸酶的主要來源!即使戴了手套也要避免用手直接接觸反應(yīng)管內(nèi)壁、試劑蓋等關(guān)鍵部位! 畢合生物(www.bihebio.com)提供服務(wù)內(nèi)容:分子生物學(xué)、免疫, 重組蛋白及ELISA相關(guān)、活性小分子化合物、高端化學(xué)、材料化學(xué)、細(xì)胞資源庫與培養(yǎng)相關(guān)、生命科學(xué)、天然產(chǎn)物 |
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