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寡核苷酸合成儀“抽風(fēng)”,結(jié)果出來(lái)一串亂碼
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上周做一條25bp的引物,設(shè)定好了序列,寡核苷酸合成儀哐當(dāng)哐當(dāng)跑了一下午。收樣送去質(zhì)譜,結(jié)果出來(lái)我傻了——分子量對(duì)不上,差了整整300多。 一開(kāi)始懷疑是單體加錯(cuò)了,翻記錄,沒(méi)毛病。又懷疑是試劑過(guò)期,查批號(hào),還有半年效期。折騰兩天找不到原因,氣得把合成日志翻出來(lái)一條條對(duì)。 結(jié)果發(fā)現(xiàn)一個(gè)詭異的地方:程序記錄顯示第12個(gè)循環(huán)的“脫保護(hù)”步驟多停了5分鐘。就這5分鐘,導(dǎo)致那個(gè)位置的堿基脫落了一部分,后面的延伸全亂套了。 打電話問(wèn)工程師,人家說(shuō)可能是氮?dú)鈮毫Σ▌?dòng)導(dǎo)致閥門延遲。這玩意兒平時(shí)根本注意不到,誰(shuí)能想到氣源還能影響合成序列。 后來(lái)學(xué)乖了,每次啟動(dòng)寡核苷酸合成儀前先看氣源壓力,跑的過(guò)程中隔幾個(gè)小時(shí)瞄一眼實(shí)時(shí)日志。還有寡核苷酸合成用的乙腈,以前覺(jué)得差不多就行,現(xiàn)在老老實(shí)實(shí)加分子篩脫水,稍微有點(diǎn)水分就換新的。 搞寡核苷酸合成這活兒,儀器再智能,該盯的細(xì)節(jié)一個(gè)都不能少。有時(shí)候出問(wèn)題不是大事,就是那些沒(méi)人提醒過(guò)的小地方在作妖。 有人遇到過(guò)類似的“莫名其妙”的合成失敗嗎?最后怎么找到原因的? |
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