 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 509 | 回復(fù): 0 | |||
畢合生物2024銅蟲 (小有名氣)
|
[交流]
散點(diǎn)圖的升級(jí)版——?dú)馀輬D
|
|
1 什么是氣泡圖？ 首先我們來了解一下什么是氣泡圖。簡單來說，氣泡圖就是在散點(diǎn)圖的基礎(chǔ)上，額外引入了第三甚至第四個(gè)數(shù)據(jù)維度，并在直角坐標(biāo)系中，用“氣泡”來表示。 我們以上面這張圖為例，來拆解一下氣泡圖的主要構(gòu)成要素： Y軸：代表第一個(gè)變量，即富集到的具體KEGG通路名稱 (Pathway)，如P53 signaling pathway ，PI3K-Akt signaling pathway等。 X軸：代表第二個(gè)變量，即富集到對(duì)應(yīng)通路上你關(guān)注的基因（如差異表達(dá)基因）占該通路總基因數(shù)的比例，。用于衡量富集程度，數(shù)值越大，說明該通路富集程度越高。 氣泡大�。捍淼谌齻�(gè)變量，即富集到該通路上的基因數(shù)量。氣泡越大，說明該通路涉及的基因越多。 氣泡顏色：代表第四個(gè)變量，P Value 代表該通路富集的統(tǒng)計(jì)顯著性。由于 P 值通常很小，取負(fù)對(duì)數(shù)后：顏色越紅（數(shù)值越大），表示 P 值越小，該通路富集結(jié)果越顯著、越可靠。 2 什么時(shí)候會(huì)用上氣泡圖？ 由于在實(shí)驗(yàn)中，我們經(jīng)常需要同時(shí)關(guān)注效應(yīng)大小、統(tǒng)計(jì)顯著性和樣本/分子數(shù)量等多個(gè)指標(biāo)，而氣泡圖完美地契合了這種需求。 利用它，我們就能在一張圖上同時(shí)觀察多個(gè)指標(biāo)的聯(lián)動(dòng)變化。這大大地豐富了圖表所能呈現(xiàn)的信息量，并且避免了需要用多張圖來回比對(duì)的麻煩。 那我們什么情況下用氣泡圖來展示數(shù)據(jù)會(huì)比較合適呢？下面羅列了一些適用場景： a 富集分析（Enrichment Analysis） 這是氣泡圖在生信分析中最常見、也是最經(jīng)典的應(yīng)用。 無論是 GO (Gene Ontology) 分析還是 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 通路分析，其結(jié)果通常涉及以下幾個(gè)關(guān)鍵指標(biāo)： 富集通路/Term、顯著性（P-value 或 FDR） 富集程度（Fold Enrichment 或 Gene Ratio） 富集到的基因數(shù)量（Count） 調(diào)控方向（Up/Down Regulation） 畢合生物(www.bihebio.com)提供服務(wù)內(nèi)容：分子生物學(xué)、免疫, 重組蛋白及ELISA相關(guān)、活性小分子化合物、高端化學(xué)、材料化學(xué)、細(xì)胞資源庫與培養(yǎng)相關(guān)、生命科學(xué)、天然產(chǎn)物 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
2026級(jí)碩士研究生招生/調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
新疆大學(xué)地質(zhì)與礦業(yè)工程學(xué)院招生
已經(jīng)有32人回復(fù)
-
0856材料與化工353分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
282分材料專業(yè)求調(diào)劑院校
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
315食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
環(huán)境調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
接受26屆調(diào)劑生
已經(jīng)有20人回復(fù)
-
考研材料與化工，求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
歡迎211本科同學(xué)，過A區(qū)國家線，A區(qū)非偏遠(yuǎn)一本，交叉學(xué)科課題組
已經(jīng)有35人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 畢合生物2024 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[碩博家園] 2026級(jí)碩士研究生招生/調(diào)劑 +3 | 知足常樂的樂 2026-03-06 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 調(diào)劑的考研學(xué)生 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 320材料與化工，求調(diào)劑 +11 | 鶴遨予卿 2026-03-04 | 13/650 |
|
|
[考研] 327分求調(diào)劑086 +3 | 西紅柿?小帥 2026-03-09 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 320求調(diào)劑 +4 | 魏zy 2026-03-08 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +5 | Trying] 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥319分求調(diào)劑 +4 | Tolkien 2026-03-07 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | squirtle11 2026-03-07 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工，291分，求調(diào)劑 +13 | 咕嚕咕嚕123123 2026-03-04 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑 +5 | 加油呀fxy 2026-03-07 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
一志愿天津大學(xué)材料與化工275求調(diào)劑
 10+3
|
穿只靴子 2026-03-07 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)312分求調(diào)劑 +7 | T123 tt 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 085600材料與化工 292分 求調(diào)劑
+6
|
程晴之 2026-03-06 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程295求調(diào)劑，一志愿A區(qū)211 +7 | 等春來， 2026-03-06 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿211，0860總分286食品工程專業(yè)求調(diào)劑 +6 | 林林Winnie 2026-03-05 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 紡織、生物、化學(xué)、材料等專業(yè) +3 | Eember. 2026-03-05 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 泡了個(gè)椒 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 22408-273求調(diào)劑-擔(dān)任3個(gè)項(xiàng)目的負(fù)責(zé)人-1篇國際期刊論文（一作）1篇核心期刊論文在投。 +3 | 沒想好取什么名 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 376求調(diào)劑 +3 | 王浩然sam 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 能動(dòng)297求調(diào)劑，本科川大 +4 | 邵11 2026-03-04 | 4/200 |
|