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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 生物科學 » 綜合其他 » 散點圖的升級版——氣泡圖
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畢合生物2024銅蟲 (小有名氣)
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散點圖的升級版——氣泡圖
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1 什么是氣泡圖？ 首先我們來了解一下什么是氣泡圖。簡單來說，氣泡圖就是在散點圖的基礎上，額外引入了第三甚至第四個數(shù)據(jù)維度，并在直角坐標系中，用“氣泡”來表示。 我們以上面這張圖為例，來拆解一下氣泡圖的主要構成要素： Y軸：代表第一個變量，即富集到的具體KEGG通路名稱 (Pathway)，如P53 signaling pathway ，PI3K-Akt signaling pathway等。 X軸：代表第二個變量，即富集到對應通路上你關注的基因（如差異表達基因）占該通路總基因數(shù)的比例，。用于衡量富集程度，數(shù)值越大，說明該通路富集程度越高。 氣泡大小：代表第三個變量，即富集到該通路上的基因數(shù)量。氣泡越大，說明該通路涉及的基因越多。 氣泡顏色：代表第四個變量，P Value 代表該通路富集的統(tǒng)計顯著性。由于 P 值通常很小，取負對數(shù)后：顏色越紅（數(shù)值越大），表示 P 值越小，該通路富集結(jié)果越顯著、越可靠。 2 什么時候會用上氣泡圖？ 由于在實驗中，我們經(jīng)常需要同時關注效應大小、統(tǒng)計顯著性和樣本/分子數(shù)量等多個指標，而氣泡圖完美地契合了這種需求。 利用它，我們就能在一張圖上同時觀察多個指標的聯(lián)動變化。這大大地豐富了圖表所能呈現(xiàn)的信息量，并且避免了需要用多張圖來回比對的麻煩。 那我們什么情況下用氣泡圖來展示數(shù)據(jù)會比較合適呢？下面羅列了一些適用場景： a 富集分析（Enrichment Analysis） 這是氣泡圖在生信分析中最常見、也是最經(jīng)典的應用。 無論是 GO (Gene Ontology) 分析還是 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 通路分析，其結(jié)果通常涉及以下幾個關鍵指標： 富集通路/Term、顯著性（P-value 或 FDR） 富集程度（Fold Enrichment 或 Gene Ratio） 富集到的基因數(shù)量（Count） 調(diào)控方向（Up/Down Regulation） 畢合生物(www.bihebio.com)提供服務內(nèi)容：分子生物學、免疫, 重組蛋白及ELISA相關、活性小分子化合物、高端化學、材料化學、細胞資源庫與培養(yǎng)相關、生命科學、天然產(chǎn)物 |
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