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[交流] 泛素化IP實(shí)驗(yàn) | 詳細(xì)步驟+小tips 已有1人參與

泛素化IP實(shí)驗(yàn)步驟
一、制備細(xì)胞裂解物
1.實(shí)驗(yàn)組/對(duì)照組分別準(zhǔn)備1個(gè)10cm圓皿的細(xì)胞，收集細(xì)胞前加MG132處理4-6h
2.棄舊培養(yǎng)基，PBS洗兩遍，棄PBS
3.將皿置于冰上預(yù)冷，加入500-1000μL RIPA（100:1添加PMSF），冰上裂解10-15min后，用細(xì)胞刮將蛋白刮下，轉(zhuǎn)移至1.5mL離心管
4.冰浴中對(duì)樣品超聲3-5次，每次3秒
1.4℃,16000g離心8min，將上清轉(zhuǎn)移至新的離心管中，即為細(xì)胞裂解物二、共孵育（抗體＋蛋白）
1.取出40-100μL 樣品作為input先放入-20或-80℃冰箱
2.在剩余樣品加目的抗體（1-2μg），用封口膜將反應(yīng)管封嚴(yán)
3.4℃旋轉(zhuǎn)孵育過(guò)夜
三、共沉淀（加磁珠）
1.清洗磁珠（可以不洗，將原管磁珠重懸后取30μL加到反應(yīng)管中即可）：用IP裂解液清洗磁珠3遍（磁力架），IP裂解液重懸磁珠（取多少μL就用多少液體量重懸），為了防止在吸取磁珠時(shí)槍頭將磁珠損傷，可以將槍頭用剪刀剪去前端一小部分使用
2.將磁珠加入到每個(gè)免疫沉淀反應(yīng)中（30μL/管），重新封嚴(yán)反應(yīng)管
3.4℃旋轉(zhuǎn)孵育過(guò)夜*（這一步看很多Protocol都是孵育1-4h，之前我有個(gè)抗體做IP孵育4h沒(méi)做出來(lái)，有次孵育過(guò)夜做出來(lái)結(jié)果很漂亮，后面就都是過(guò)夜孵育了）
四、清洗（洗去非特異結(jié)合）
1.將IP反應(yīng)管取出置于磁力架上，將磁珠吸附至管壁，待溶液澄清后，將上清液去除，留磁珠
2.加1mL PBST，將樣品管從磁力架取下，在4℃摩天輪旋轉(zhuǎn)清洗3-5min，重復(fù)1和2步驟兩次，即用PBST洗3次
3.加入1mL IP裂解液，將樣品管從磁力架取下，在4℃摩天輪旋轉(zhuǎn)清洗3-5min，將液體轉(zhuǎn)移至新的離心管（原離心管可能吸附有蛋白，避免非特異），置于磁力架吸附磁珠，棄上清，再用IP裂解液洗1遍
*清洗液可以全部用PBS
五、洗脫（將蛋白從珠子上洗脫）
1.將Loading buffer用IP裂解液稀釋成1x
2.每個(gè)IP反應(yīng)管加入30-40μL 1x Loading buffer，渦旋混勻，金屬浴100℃煮樣5-10min，即制樣完成
3.將離心管放入磁力架，取上清進(jìn)行上樣電泳
⭐泛素化IP實(shí)驗(yàn)和coIP實(shí)驗(yàn)差不多，但有些地方不同～下面講一下泛素化IP實(shí)驗(yàn)比較關(guān)鍵的點(diǎn)
收樣前需要加MG132處理4-6小時(shí)，目的為了“凍結(jié)”和“富集”處于泛素化狀態(tài)的蛋白質(zhì)，從而增強(qiáng)實(shí)驗(yàn)信號(hào)，確保能夠成功檢測(cè)到通常瞬態(tài)且低豐度的泛素化修飾。
✅為什么泛素化IP可以用強(qiáng)裂解液而coIP不能？
Co-IP的目的是捕獲蛋白A和蛋白B之間天然狀態(tài)下的物理結(jié)合，強(qiáng)裂解液中的SDS和強(qiáng)去污劑會(huì)破壞氫鍵、疏水區(qū)域等，從而瓦解蛋白質(zhì)的三級(jí)/四級(jí)結(jié)構(gòu)和非共價(jià)相互作用。一旦蛋白質(zhì)變性，其表面的結(jié)合位點(diǎn)就會(huì)消失，A和B之間的自然相互作用就會(huì)被徹底破壞。
泛素化IP的目的是證明泛素分子是否通過(guò)共價(jià)鍵連接在了目標(biāo)蛋白上，強(qiáng)去污劑和低濃度的SDS無(wú)法破壞這種共價(jià)連接。使用強(qiáng)裂解液可以徹底變性目標(biāo)蛋白，使被泛素化的目標(biāo)蛋白完全展開(kāi)，暴露出原本藏在內(nèi)部的泛素化位點(diǎn)，讓抗體更容易結(jié)合；強(qiáng)裂解液可以解離所有非共價(jià)的、假性的相互作用，消除非特異結(jié)合
✅泛素化IP樣品處理時(shí)需要超聲，充分暴露泛素化位點(diǎn)
跑泛素化條帶時(shí)一定要用避免輕重鏈二抗，泛素化修飾的典型WB特征是一個(gè)連續(xù)的拖尾或涂抹狀條帶，重鏈的強(qiáng)信號(hào)條帶會(huì)影響泛素化條帶的檢出，用普通二抗只能曝出重鏈，用了避免輕重鏈二抗后泛素條帶就可以曝出來(lái)了。

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