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@七安新蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何提取siesta輸出的hamiltonian和overlap
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在輸入文件中已設(shè)置Save HS True并且計算已輸出label.HSX文件，現(xiàn)需要查看其中計算的哈密頓量，如何才能從該文件中提取哈密頓量？ 發(fā)自小木蟲手機客戶端 |
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070300調(diào)劑一志愿南京大學(xué)化學(xué)專業(yè)，初試273分，有論文有專利有競賽，求調(diào)劑B區(qū)211
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@七安
新蟲 (小有名氣)
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siesta編譯已具有netcdf4模塊，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中讀取哈密頓量時有些困難，即使用Python語言提取的哈密頓量也是錯誤提取 發(fā)自小木蟲手機客戶端 |
3樓2025-08-18 17:55:52
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雖然我沒具體研究和折騰過，可行的方式有如下幾種： 1、直接讀取HSX。但HSX是Fortran寫入的二進制文件，可能需要去了解HSX讀取或者寫入邏輯。例如SIESTA程序提供的Utils當(dāng)中有hsx2hs.f90，其中有讀取HSX文件的邏輯，或者你可以參考DeepH程序，當(dāng)中preprocess/siesta_get_data.py提供了python語言處理HSX的功能。 2、對SIESTA源碼部分進行修改，將HSX的寫入格式從unformatted改成formatted后重新編譯，這樣你能得到一份“人類可讀”的HSX，然后寫程序讀取之，只不過可能其他模塊并不兼容。 3、在SIESTA編譯時掛上NetCDF4，然后計算時使用Write.DMHS.History.NetCDF，然后HS可以按照NetCDF4進行存儲，使用相應(yīng)語言的NetCDF4的庫并寫程序讀取之。 |
2樓2025-08-04 06:26:17
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4樓2025-08-20 10:15:33
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