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@七安新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
如何提取siesta輸出的hamiltonian和overlap
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在輸入文件中已設(shè)置Save HS True并且計(jì)算已輸出label.HSX文件，現(xiàn)需要查看其中計(jì)算的哈密頓量，如何才能從該文件中提取哈密頓量？ 發(fā)自小木蟲(chóng)手機(jī)客戶端 |
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雖然我沒(méi)具體研究和折騰過(guò)，可行的方式有如下幾種： 1、直接讀取HSX。但HSX是Fortran寫(xiě)入的二進(jìn)制文件，可能需要去了解HSX讀取或者寫(xiě)入邏輯。例如SIESTA程序提供的Utils當(dāng)中有hsx2hs.f90，其中有讀取HSX文件的邏輯，或者你可以參考DeepH程序，當(dāng)中preprocess/siesta_get_data.py提供了python語(yǔ)言處理HSX的功能。 2、對(duì)SIESTA源碼部分進(jìn)行修改，將HSX的寫(xiě)入格式從unformatted改成formatted后重新編譯，這樣你能得到一份“人類可讀”的HSX，然后寫(xiě)程序讀取之，只不過(guò)可能其他模塊并不兼容。 3、在SIESTA編譯時(shí)掛上NetCDF4，然后計(jì)算時(shí)使用Write.DMHS.History.NetCDF，然后HS可以按照NetCDF4進(jìn)行存儲(chǔ)，使用相應(yīng)語(yǔ)言的NetCDF4的庫(kù)并寫(xiě)程序讀取之。 |
2樓2025-08-04 06:26:17
@七安
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siesta編譯已具有netcdf4模塊，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中讀取哈密頓量時(shí)有些困難，即使用Python語(yǔ)言提取的哈密頓量也是錯(cuò)誤提取 發(fā)自小木蟲(chóng)手機(jī)客戶端 |
3樓2025-08-18 17:55:52
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4樓2025-08-20 10:15:33
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