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MDL實(shí)驗(yàn)室新蟲 (初入文壇)
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干貨分享 | 無縫克隆常見問題解答 已有1人參與
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分子克隆實(shí)驗(yàn)——無縫克隆 今天和大家講講無縫克隆常見的問題以及解決方法。 1.平板上很少或者沒有克隆菌落 建議使用試劑盒附帶的陽性對(duì)照,可排除試劑盒本身的影響。進(jìn)一步判定,主要有以下可能的情況和建議:01載體制備線性化載體和插入片段的純度不夠,抑制反應(yīng)。02插入片段制備1、引物設(shè)計(jì)不正確:同源臂15~25nt(不計(jì)算酶切位點(diǎn)),CG含量40~60%。 2、線性化載體和插入片段的純度不夠,抑制反應(yīng)。若線性化載體與插入片段已經(jīng)過純化,且經(jīng)電泳檢測(cè)條帶單一或無 Smear 殘留時(shí),可使用超微量核酸蛋白檢測(cè)儀進(jìn)行濃度測(cè)定,當(dāng) A260/A280 在 1.8~2.0 之間時(shí),濃度值可信,未純化的DNA使用體積不能超過反應(yīng)體積的1/5。03無縫克隆線性化載體和插入片段的投入量不足或過量,比例不佳:按照明書推薦的最適用量和比例配制反應(yīng)體系。04轉(zhuǎn)化感受態(tài)效率低:感受態(tài)轉(zhuǎn)化效率大于108 cfu/ug,重組產(chǎn)物的體積不能超過感受態(tài)的1/10。 2.多數(shù)克隆不含插入片段(假陽性) 主要有以下可能的情況和建議:01載體制備:✿載體線性化不徹底:設(shè)置陰性對(duì)照檢測(cè)載體是否線性化完全。✿相同抗性的質(zhì)粒污染:以質(zhì)粒為模板進(jìn)行插入片段 PCR 擴(kuò)增時(shí),使用預(yù)線性化質(zhì)粒作為擴(kuò)增模板,使用 DpnI 等甲基化敏感型內(nèi)切酶對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行處理,或?qū)Ξa(chǎn)物進(jìn)行膠回收純化。02插入片段制備:插入片段的制備產(chǎn)物不特異:優(yōu)化PCR體系(Tm,模板投入量,循環(huán)數(shù)等),提高特異性;膠回收PCR產(chǎn)物。03克隆篩選:平板抗性不足:確保使用正確的抗生素,并使用新鮮制備的抗生素平板。 3.菌落PCR無條帶 主要有以下可能的情況和建議:01載體制備:重組失。喝糁挥锌召|(zhì)粒條帶,表明重組失敗,載體線性化不徹底,優(yōu)化酶切體系或PCR體系。02插入片段制備:引物不正確,使用通用引物或者至少一條通用引物進(jìn)行菌檢。03克隆篩選:PCR體系或者程序不合適:沒有目的條帶也沒有空質(zhì)粒條帶,優(yōu)化PCR體系和程序(Tm,模板投入量,循環(huán)數(shù)等);進(jìn)行提質(zhì)粒做模板,進(jìn)行PCR驗(yàn)證或者酶切驗(yàn)證。 |
新蟲 (初入文壇)
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