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ccc阿鑫新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
VMD生成的石墨烯pbd文件如何正確轉(zhuǎn)化為psf 已有1人參與
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在VMD中使用工具可以得到石墨烯，通過(guò)保存坐標(biāo)可以輕松得到pdb文件。但是psf文件怎么得到呢？ 我試了VMD的autopsf工具，會(huì)自動(dòng)閃退，沒(méi)辦法得到psf。 然后我在Tcl中，使用一下命令可以得到psf package require topotools topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals mol reanalyze 0 animate write psf name.psf 生成的psf看起來(lái)都沒(méi)有問(wèn)題，但是在仿真時(shí)候會(huì)報(bào)錯(cuò)，"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C." 有沒(méi)有大神知道如何得到正確的psf，十分感謝 @smutao @oxox6085 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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ccc阿鑫
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 127.8
- 帖子: 72
- 在線: 7.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 21175783
- 注冊(cè): 2020-02-23
- 專業(yè): 微/納機(jī)械系統(tǒng)
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謝謝，我檢查一下，c c c這種力場(chǎng)文件沒(méi)有，我可以自己改力場(chǎng)文件加上這部分?jǐn)?shù)據(jù)嘛 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2024-03-28 00:08:47
【答案】應(yīng)助回帖
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先點(diǎn)鼠標(biāo)： Extensions -- Modeling -- Nanotube Builder 進(jìn)入石墨烯和碳納米管的建模界面 輸入你想要的尺寸，然后點(diǎn)擊最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型 進(jìn)入 VMD TKconsole 輸入命令： set all [atomselect top all] $all writepdb graphene.pdb $all writepsf graphene.psf 既可把石墨烯模型保存在你的電腦里，位置在vmd的默認(rèn)路徑，你可以通過(guò) pwd 命令查看 |
2樓2024-03-12 09:24:00
3樓2024-03-12 09:25:16
ccc阿鑫
新蟲(chóng) (小有名氣)
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- 專業(yè): 微/納機(jī)械系統(tǒng)
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謝謝解答！ 但是這樣只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，類似DNA測(cè)序那種，我是通過(guò)保存時(shí)候，選中部分原子做的。這樣的話也可以用這個(gè)方式保存嗎 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2024-03-28 00:07:34
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