 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1710 | 回復(fù): 5 | ||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者ccc阿鑫將贈送您 10 個金幣 | ||
ccc阿鑫新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
VMD生成的石墨烯pbd文件如何正確轉(zhuǎn)化為psf 已有1人參與
|
|
|
在VMD中使用工具可以得到石墨烯，通過保存坐標(biāo)可以輕松得到pdb文件。但是psf文件怎么得到呢？ 我試了VMD的autopsf工具，會自動閃退，沒辦法得到psf。 然后我在Tcl中，使用一下命令可以得到psf package require topotools topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals mol reanalyze 0 animate write psf name.psf 生成的psf看起來都沒有問題，但是在仿真時候會報錯，"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C." 有沒有大神知道如何得到正確的psf，十分感謝 @smutao @oxox6085 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
322分 085600求調(diào)劑，有互聯(lián)網(wǎng)+國金及主持省級大創(chuàng)經(jīng)歷
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
320材料一志愿西工大專碩英二數(shù)二 有兩年光伏工作經(jīng)驗
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿鄭州大學(xué)，學(xué)碩，物理化學(xué)， 333求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿中石油，化學(xué)工程，301求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
0703化學(xué)求調(diào)劑，總分320分，一志愿中南民族大學(xué)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
320材料與化工，求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿武漢理工大學(xué)-085602-總分296分-求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
286
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
070300化學(xué) 280 一志愿太原理工 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600材料與化工（高分子）290分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
【答案】應(yīng)助回帖
|
先點鼠標(biāo)： Extensions -- Modeling -- Nanotube Builder 進(jìn)入石墨烯和碳納米管的建模界面 輸入你想要的尺寸，然后點擊最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型 進(jìn)入 VMD TKconsole 輸入命令： set all [atomselect top all] $all writepdb graphene.pdb $all writepsf graphene.psf 既可把石墨烯模型保存在你的電腦里，位置在vmd的默認(rèn)路徑，你可以通過 pwd 命令查看 |
2樓2024-03-12 09:24:00
3樓2024-03-12 09:25:16
ccc阿鑫
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 127.8
- 帖子: 72
- 在線: 7.2小時
- 蟲號: 21175783
- 注冊: 2020-02-23
- 專業(yè): 微/納機械系統(tǒng)
|
謝謝解答！ 但是這樣只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，類似DNA測序那種，我是通過保存時候，選中部分原子做的。這樣的話也可以用這個方式保存嗎 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2024-03-28 00:07:34
ccc阿鑫
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 127.8
- 帖子: 72
- 在線: 7.2小時
- 蟲號: 21175783
- 注冊: 2020-02-23
- 專業(yè): 微/納機械系統(tǒng)
5樓2024-03-28 00:08:47
6樓2024-04-17 16:12:28
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 ccc阿鑫 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 成績276，專業(yè)代碼0856求調(diào)劑 +8 | 小陳朵 2026-03-03 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 學(xué)碩材料275調(diào)劑 +9 | 路三三 2026-03-03 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | xuyuan111 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩346求調(diào)劑 +3 | 旺一下 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科太原理工采礦工程，求調(diào)劑 +3 | onlx 2026-03-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601 材料305分求助 +4 | 泡泡郵件 2026-03-03 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 26申博-目前4篇SCI一作 +3 | chen_2024 2026-03-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
材料325求調(diào)劑
 30+5
|
mariusuki 2026-03-02 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +9 | ErMiao1020 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +3 | sgbl 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085602化學(xué)工程350，調(diào)劑，有沒有211的 +5 | 利好利好. 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 26考研報考西工大材料308分求調(diào)劑 +4 | weizhong123 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
材料工程專碩283求調(diào)劑
5+8
|
，�。� 2026-03-02 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料類考研調(diào)劑 +6 | gemmgemm 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化工京區(qū)271求調(diào)劑 +7 | 11ing 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0856材料求調(diào)劑 +12 | hyf hyf hyf 2026-02-28 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 261求調(diào)劑 +3 | 陸lh 2026-03-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 簡木ChuFront 2026-02-28 | 3/150 |
|
|
|
[論文投稿]
Optics letters投稿被拒求助
30+3
|
luckyry 2026-02-26 | 4/200 |
|