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Wagggggggggh新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助?DLC非晶碳建模問題
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非晶碳做直接建模得到的結(jié)果和實(shí)際情況相差較大,我查詢領(lǐng)域內(nèi)的文獻(xiàn)看他們的方法是建立一個包含著指定密度的隨機(jī)分布著64個碳原子的盒子,然后使用forcite模塊的分子動力學(xué)先升到5000k或8000k保持0.5ps然后降溫到273k保持0.5ps來得到的非晶碳模型。所以我打算復(fù)現(xiàn)他們的做法 我先是用amorphous模塊建立了2.6g/cm3的含有64個碳原子的盒子,然后用forcite的dynamics功能在Universal力場下把每個碳原子力場設(shè)置為C電荷設(shè)置為0,通過NVT系綜nose調(diào)溫到5000k 0.5ps 在降溫到273k 0.5ps最終得到需要的模型。但讓我感到困惑的是碳原子之間并沒有新的鍵的形成,所以我用了build bonds,照著查詢到的c c鍵長進(jìn)行生成,結(jié)果產(chǎn)生了很難看的有五個鍵的碳原子和在中間缺不和其他碳原子鏈接的模型,請問各位大佬這是為什么,我該怎樣才能做出文章里連貫一體的模型,還是說這不可避免,我只能手動優(yōu)化 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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