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Wagggggggggh新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助?DLC非晶碳建模問題
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非晶碳做直接建模得到的結(jié)果和實(shí)際情況相差較大，我查詢領(lǐng)域內(nèi)的文獻(xiàn)看他們的方法是建立一個(gè)包含著指定密度的隨機(jī)分布著64個(gè)碳原子的盒子，然后使用forcite模塊的分子動(dòng)力學(xué)先升到5000k或8000k保持0.5ps然后降溫到273k保持0.5ps來(lái)得到的非晶碳模型。所以我打算復(fù)現(xiàn)他們的做法 我先是用amorphous模塊建立了2.6g/cm3的含有64個(gè)碳原子的盒子，然后用forcite的dynamics功能在Universal力場(chǎng)下把每個(gè)碳原子力場(chǎng)設(shè)置為C電荷設(shè)置為0，通過(guò)NVT系綜nose調(diào)溫到5000k 0.5ps 在降溫到273k 0.5ps最終得到需要的模型。但讓我感到困惑的是碳原子之間并沒有新的鍵的形成，所以我用了build bonds，照著查詢到的c c鍵長(zhǎng)進(jìn)行生成，結(jié)果產(chǎn)生了很難看的有五個(gè)鍵的碳原子和在中間缺不和其他碳原子鏈接的模型，請(qǐng)問各位大佬這是為什么，我該怎樣才能做出文章里連貫一體的模型，還是說(shuō)這不可避免，我只能手動(dòng)優(yōu)化 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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