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計算化學小白關于使用gaussian和MS做吸附的一些基礎問題想請教,請大家?guī)蛶兔,感謝
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大家好,我是計算化學小白,目前研二,課題開始較晚,有一些關于Gaussian和MS的基礎問題想請教大家,十分感謝!因為涉及到MS軟件,請版主審核時給小白一個機會,非常感謝! 我的方向是多孔材料(MOF、COF)吸附VOCs(苯、乙苯、苯乙烯等),目前我的想法是,通過gaussian計算吸附劑和吸附質的各個原子的電荷,然后在MS里通過設置力場和計算得到的電荷做吸附。我的問題是: (1)若在gaussian中計算電荷,吸附劑和吸附質的模型是在GaussView中構建,還是在MS中構建然后提交到gaussian中計算比較合理?如果是在gaussview中構建的,如何保證在MS中做吸附時構建的模型和gaussview中構建的是一樣的? (2)接(1),提交到gaussian中去計算電荷的結構必須是優(yōu)化之后與實際分子結構信息(鍵長、鍵角、二面角等)相差不大,還是只要保證結構中原子的數(shù)量和種類、原子之間鍵的數(shù)量和類型相符合就可以? (3)通過學習sob老師的博文(https://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html)和原子電荷計算方法(https://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)這篇文獻,我的吸附劑結構(MOF、COF)設置為剛體,MK電荷和RESP電荷應該選擇哪個更準確?對于吸附質(苯、乙苯、苯乙烯等)又該選擇哪個電荷更準確? (4)關于力場的選擇:通過查閱文獻,MOF因含有過渡金屬,通常采用UFF力場,COF采用Dreiding力場,吸附質設置為與吸附劑相同的力場。MK電荷或者RESP電荷適用于這兩種力場嗎? (5)假設我在MS中構建好了一個結構,想使用gaussian進行幾何優(yōu)化,優(yōu)化之后再導入到MS進行后續(xù)吸附,如何實現(xiàn)兩款軟件的互相導入導出? 請各位大佬不吝賜教,謝謝大家! |
新蟲 (小有名氣)
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