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WSW_Alone木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
如何生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫(kù)，注釋16S高通量測(cè)序序列用。
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silva數(shù)據(jù)庫(kù)最新版本為138.1，文獻(xiàn)中常用的為138版(https://www.arb-silva.de/no_cach ... lease_138/Exports/)。 因?yàn)楸救烁咄繑?shù)據(jù)分析流程采用了劉永鑫老師的Easyamplicon，其中注釋用數(shù)據(jù)庫(kù)是usearch自帶的數(shù)據(jù)庫(kù)，目前usearch自帶的最新silva數(shù)據(jù)庫(kù)是123版本（https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html），沒(méi)有138版或者138.1版。 github里面找到了一個(gè)博主jameslz(沒(méi)有留下聯(lián)系郵箱)關(guān)于生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫(kù)的帖子(https://github.com/jameslz/proto ... -SILVA138-fasta.md)，但是里面有一個(gè)silva-tk命令ubantu無(wú)法識(shí)別。 特此請(qǐng)各位大佬指點(diǎn)迷津 如何生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫(kù) |
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miumiu456
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 97.7
- 散金: 100
- 帖子: 92
- 在線(xiàn): 8.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 20204037
- 注冊(cè): 2019-12-19
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 環(huán)境工程
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樓主，劉永鑫老師團(tuán)隊(duì)有更新，數(shù)據(jù)庫(kù)百度網(wǎng)盤(pán)下載鏈接： https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 文件路徑 : db/amplicon/silva/SILVA_modified.fasta |
5樓2025-11-10 14:11:55
麥兜1212
金蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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2樓2023-05-03 21:29:27
WSW_Alone
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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3樓2023-05-04 22:49:12
85204615
金蟲(chóng) (小有名氣)
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4樓2025-06-25 10:54:06
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