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WSW_Alone木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫，注釋16S高通量測序序列用。
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silva數(shù)據(jù)庫最新版本為138.1，文獻中常用的為138版(https://www.arb-silva.de/no_cach ... lease_138/Exports/)。 因為本人高通量數(shù)據(jù)分析流程采用了劉永鑫老師的Easyamplicon，其中注釋用數(shù)據(jù)庫是usearch自帶的數(shù)據(jù)庫，目前usearch自帶的最新silva數(shù)據(jù)庫是123版本（https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html），沒有138版或者138.1版。 github里面找到了一個博主jameslz(沒有留下聯(lián)系郵箱)關(guān)于生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫的帖子(https://github.com/jameslz/proto ... -SILVA138-fasta.md)，但是里面有一個silva-tk命令ubantu無法識別。 特此請各位大佬指點迷津 如何生成匹配usearch的silva138數(shù)據(jù)庫 |
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2樓2023-05-03 21:29:27
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樓主，劉永鑫老師團隊有更新，數(shù)據(jù)庫百度網(wǎng)盤下載鏈接： https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 文件路徑 : db/amplicon/silva/SILVA_modified.fasta |
5樓2025-11-10 14:11:55
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