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[求助]
求助：請問各位大牛在做藥物結構設計的時候實際上是怎么樣的設計思路？
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最近入職了一家創(chuàng)新藥公司，我所在的課題組，有時候是把設計好的新化合物結構送到搞計算機輔助藥物設計的部門，讓其模擬是否和受體適配，再去決定是否合成。有時候是拍腦子試一下加個甲基或者乙基之類的基團，合成出來試一下其生物活性。我想問問做藥物化學的同行(企業(yè)或者高校)，你們在做藥物結構設計的時候實際上是怎么樣的設計思路的？剛做創(chuàng)新藥這行，比較迷惑，希望參考一下各位同行的經驗，能盡快入門，感謝！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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zyqchem
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三個問題，分別回答吧，有些純屬個人見解，可能有不當之處，僅供參考。 一、chemdraw模擬的結構，是軟件通過計算推測的分子理論上最可能存在的立體空間構型，如果用在藥物設計方面，我理解的就是通過分子構型大致判斷分子在靶點中與各個位點的相對位置，預測分子與靶點可能的對接情況。但是這種預測是比較粗糙的，因為分子可能受到靶點位點的吸引或排斥作用，從而發(fā)生構型的改變，也就是實際構型可能會與chemdraw預測的結果有比較大的差別，這是chemdraw無法模擬的。所以有條件的研究人員通常是用專門的模擬分子-靶點對接的軟件來模擬，通過定量的計算來預測分子與靶點的結合傾向，而不是用chemdraw。 二、化合物成藥性通常也不用chemdraw模擬，也是有專門的軟件或平臺以及計算方法的，但我本人是合成出身，不怎么熟悉這些。 三、缺少計算機輔助的話，如果是像我在5樓回復你的那樣去做me too藥，可能對計算機輔助的依賴要少些，否則的話，不缺錢則可以找外包，一些高�；蜓芯克鶓撃芴峁┻@方面的有償服務。 |
7樓2022-07-31 22:57:34
zyqchem
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我們一般是先確定靶點晶體結構（如果已有報道），然后對陽性對照藥進行骨架躍遷，再通過分子模擬對接打分，尋找數(shù)值相對較高者，再利用已有的片段數(shù)據庫并結合構效關系及等理論進行優(yōu)化，再分析合成可行性，有選擇地合成。我們有專門的計算化學研究人員負責這些設計工作，合成人員輔助進行 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2022-07-31 16:33:13
zyqchem
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另外，合成人員還要考察新設計的化合物是否有知識產權風險。我們是企業(yè)，目前主做me better類創(chuàng)新藥，相對于me too類的只是簡單調整個別基團的改造的設計，更容易做出自己的臨床優(yōu)勢，也符合目前國家政策的主要支持方向 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2022-07-31 16:47:50
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