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ymwaizc金蟲 (正式寫手)
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[求助]
含B元素化合物的MD模擬求助
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合成了一個(gè)含有B元素的化合物，找做MD的同學(xué)做模擬，告訴我沒有B的力場(chǎng)參數(shù)，請(qǐng)教各位大佬，這種情況改如何解決呢？有沒有什么好的建議呢，謝謝了 |
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yongleli
木蟲 (正式寫手)
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網(wǎng)上有免費(fèi)的generalized Charmm力場(chǎng)生成器，查找Swiss Charmm parameter，還有免費(fèi)的OPLS力場(chǎng)生成器。Amber Tools里有GAFF力場(chǎng)生成器（需要去ambermd.org學(xué)習(xí)使用方法）但要注意，上述三種方法生成的力場(chǎng)參數(shù)中，電荷是不靠譜的，最好用RESP擬合，重新生成電荷。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2022-07-27 12:15:08
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