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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者nkleof將贈(zèng)送您 200 個(gè)金幣 | ||
nkleof銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
pbs腳本中vasp運(yùn)行問(wèn)題 已有1人參與
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| 在一臺(tái)服務(wù)器中安裝了torque用來(lái)管理計(jì)算任務(wù)，同一臺(tái)服務(wù)器既是管理又是計(jì)算服務(wù)器。結(jié)果在pbs腳本中運(yùn)行vasp時(shí)，提示動(dòng)態(tài)鏈接庫(kù)找不到：/usr/local/bin/vasp_std: error while loading shared libraries: libmkl_intel_thread.so:，但是在控制臺(tái)下直接輸入和pbs腳本中一樣的命令/usr/local/bin/mpirun -np 16 /usr/local/bin/vasp_std，運(yùn)行任務(wù)就沒(méi)問(wèn)題，腳本中也一樣是寫(xiě)的絕對(duì)路徑，感覺(jué)非常奇怪，不知道是哪個(gè)地方?jīng)]設(shè)置好了，請(qǐng)高手們指點(diǎn)一下。 |
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學(xué)員tmcL0A
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 56 (初中生)
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- 注冊(cè): 2010-04-25
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- 專(zhuān)業(yè): 半導(dǎo)體材料
2樓2022-05-08 10:47:44
nkleof
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2093.2
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謝謝回復(fù)，pbs腳本如下，請(qǐng)幫忙看看哪里有問(wèn)題： #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=120:0:0 #PBS -N Gr_monol_relax #PBS -j oe #PBS -m ae #PBS -q dft NP=`wc -l ${PBS_NODEFILE} | awk '{ print $1; }'` YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Started at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log cd $PBS_O_WORKDIR /usr/local/bin/mpirun -np $NP /usr/local/bin/vasp_std YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Finished at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log |
3樓2022-05-09 09:24:44
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