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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 計算模擬 » 程序代碼 » pbs腳本中vasp運行問題
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| 查看: 984 | 回復: 2 | ||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者nkleof將贈送您 200 個金幣 | ||
nkleof銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
pbs腳本中vasp運行問題 已有1人參與
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| 在一臺服務器中安裝了torque用來管理計算任務，同一臺服務器既是管理又是計算服務器。結果在pbs腳本中運行vasp時，提示動態(tài)鏈接庫找不到：/usr/local/bin/vasp_std: error while loading shared libraries: libmkl_intel_thread.so:，但是在控制臺下直接輸入和pbs腳本中一樣的命令/usr/local/bin/mpirun -np 16 /usr/local/bin/vasp_std，運行任務就沒問題，腳本中也一樣是寫的絕對路徑，感覺非常奇怪，不知道是哪個地方?jīng)]設置好了，請高手們指點一下。 |
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學員tmcL0A
至尊木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 半導體材料
2樓2022-05-08 10:47:44
nkleof
銀蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
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- 散金: 649
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- 蟲號: 152581
- 注冊: 2006-01-02
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構
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謝謝回復，pbs腳本如下，請幫忙看看哪里有問題： #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=120:0:0 #PBS -N Gr_monol_relax #PBS -j oe #PBS -m ae #PBS -q dft NP=`wc -l ${PBS_NODEFILE} | awk '{ print $1; }'` YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Started at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log cd $PBS_O_WORKDIR /usr/local/bin/mpirun -np $NP /usr/local/bin/vasp_std YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Finished at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log |
3樓2022-05-09 09:24:44
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