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冬瓜太郎1996新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
在超算上安裝ATAT-VASP接口常見(jiàn)問(wèn)題以及解決辦法 已有2人參與
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1、.ezvasp.rc文件的配置方法：（標(biāo)準(zhǔn)例子） #!/bin/csh #enter name of vasp executable here （ ·這里的意思是填寫超算上安裝vasp的位置，最終要落到具體的版本上，vasp分三個(gè)版本：std、gamma和非線性版本，一般選擇std就可以； ·另外需要注意的是要選擇在VASP/安裝包路徑/bin文件夾下的，一定要選bin，不要選其他的； ·所有的路徑要帶引號(hào)） set VASPCMD="/opt/pub/softwares/VASP/5.4.4-gzbuild/bin/vasp_std" #enter the directories containing the pseudopotentials here set POTLDA="~/bin/USPP_LDA/USPP_LDA" set POTGGA="~/bin/USPP_GGA/USPP_PW91" set POTPAWLDA="~/bin/PAW_LDA/PAW_LDA" set POTPAWGGA="~/bin/PAW_GGA_pw91/PAW_PW91" set POTPAWPBE="~/bin/pbe54" 這里需要把五種贗勢(shì)庫(kù)的路徑都寫上去，其實(shí)在vasp.wrap文件中指定了pawpbe，也就是說(shuō)ATAT做計(jì)算的時(shí)候其實(shí)默認(rèn)用PBE54贗勢(shì)的，但是如果沒(méi)有把五種贗勢(shì)庫(kù)的位置都告訴軟件，軟件就會(huì)報(bào)錯(cuò)。 2、一定要注意，將路徑添加到.ezvasp.rc以后，同時(shí)也要將vasp_std和五個(gè)贗勢(shì)庫(kù)的路徑也添加到環(huán)境變量（~/bin下的.bashrc文件)，如下： # .bashrc # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc fi # User specific environment if ! [[ "$PATH" =~ "$HOME/.local/bin:$HOME/bin:" ]] then PATH="$HOME/.local/bin:$HOME/bin:$PATH" fi export PATH # Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature: # export SYSTEMD_PAGER= export PATH=:~/bin/ATAT/atat:$PATH export PATH=:~/bin/ATAT/ATAT_files:$PATH export PATH=:~/bin/ATAT/atat/bin:$PATH export PATH=:~/bin/pbe54:$PATH export PATH=:~/bin/USPP_LDA/USPP_LDA:$PATH export PATH=:~/bin/USPP_GGA/USPP_PW91:$PATH export PATH=:~/bin/PAW_LDA/PAW_LDA:$PATH export PATH=:~/bin/PAW_GGA_pw91/PAW_PW91:$PATH export PATH=:/opt/pub/softwares/VASP/5.4.4-gzbuild/build/std/vasp:$PATH 然后source .bashrc保存，否則不會(huì)生效 3、如果ezvasp和環(huán)境變量都配置好了，在runstruct_vasp之前，需要先module load VASP，否則仍然會(huì)出現(xiàn)以下報(bào)錯(cuò)： cp: cannot stat 'OSZICAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OUTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OSZICAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OUTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'DOSCAR': No such file or directory unable to open OSZICAR or OSZICAR.static 出現(xiàn)這個(gè)報(bào)錯(cuò)的原因是打開(kāi)vasp失敗，導(dǎo)致無(wú)法生成這些文件。前面1、2步是為了讓ATAT可以找到vasp在哪里，第三步是激活打開(kāi)vasp，這三點(diǎn)注意了就可以成功！ |
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頂�。�！就剛剛才裝，它說(shuō)缺一個(gè)maps -d文件�？梢越涣饕幌聠醧942822695 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2022-04-26 14:29:36
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3樓2022-11-05 13:56:41
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