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名字太長(zhǎng)了新蟲(chóng) (小有名氣)
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力場(chǎng)文件修改 已有3人參與
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sorption中文獻(xiàn)讓金屬用dreiding，其他uff， 是在uff基礎(chǔ)上，修改金屬原子力場(chǎng)嘛 還有的金屬用的uff其他dreiding這樣子的要看哪一個(gè)，金屬到底用的uff還是dreiding 力場(chǎng)文件修改有修改步驟嘛或者一些案例教學(xué)之類(lèi)的 @smutao 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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2樓2022-03-13 13:36:37
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【答案】應(yīng)助回帖
| mof-74中的金屬原子用uff力場(chǎng)，而配體骨架結(jié)構(gòu)用dreding力場(chǎng)，而吸附的氣體分子通常用trappe力場(chǎng)，sorption做混合力場(chǎng)需要編輯一下。首先需要將MOF.xsd以car結(jié)構(gòu)導(dǎo)出，得到MOF.car和MOF.mdf均用寫(xiě)字板打開(kāi)，在MOF.car文件中將倒數(shù)第三列改為自己想要的符號(hào)，如C_R。注意字符不能太多(<4個(gè)），否則力場(chǎng)文件中將無(wú)法識(shí)別，同時(shí)設(shè)置MOF.mdf文件。保存后重新導(dǎo)入MS，通過(guò)右鍵/Label/Forcefield Type查看設(shè)置的力場(chǎng)類(lèi)型是否正確；然后，用寫(xiě)字板打開(kāi)一個(gè)力場(chǎng)文件，將上述設(shè)置的力場(chǎng)類(lèi)型寫(xiě)入到ATOMTYPES中，最后，在DIAGONAL_VDW部分按照已有參數(shù)的格式加入新力場(chǎng)類(lèi)型的兩種力場(chǎng)參數(shù)σ和ε，單位分別為Å和kcal/mol，力場(chǎng)文件編輯完畢 |
3樓2022-11-08 20:24:10
名字太長(zhǎng)了
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如果沒(méi)有設(shè)置力場(chǎng)，直接在sorption中選了通用力場(chǎng)影響會(huì)很大嗎 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
4樓2022-11-09 12:14:47
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力場(chǎng)決定了所有原子間的作用力，如果使用通用力場(chǎng)比如compass，可以得到一個(gè)粗糙的結(jié)果，但發(fā)文章不好發(fā) 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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名字太長(zhǎng)了5樓2022-11-09 14:30:17
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6樓2022-11-10 12:41:10
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7樓2022-11-13 20:13:35
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8樓2022-11-14 09:30:50
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9樓2022-11-14 12:43:11
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【答案】應(yīng)助回帖
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老師，您好！我有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教一下大神，MS sorption模塊中UFF力場(chǎng)中沒(méi)有三配位的銅的參數(shù)，我通過(guò)添加了Cu2+1的參數(shù)，F(xiàn)orcite模塊可以認(rèn)出力場(chǎng)了，但是Sorption還是不行，是我參數(shù)哪里還有問(wèn)題嗎？我添加了原子類(lèi)型那塊兒，還有_VDW，還有GENERATOR這兒。其他地方?jīng)]有本身沒(méi)有Cu3+1的地方?jīng)]有添加。非常感謝[愛(ài)心] 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
10樓2022-11-20 11:37:48
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