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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 力場文件修改
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[求助]
力場文件修改 已有3人參與
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sorption中文獻(xiàn)讓金屬用dreiding，其他uff， 是在uff基礎(chǔ)上，修改金屬原子力場嘛 還有的金屬用的uff其他dreiding這樣子的要看哪一個，金屬到底用的uff還是dreiding 力場文件修改有修改步驟嘛或者一些案例教學(xué)之類的 @smutao 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2022-03-13 13:36:37
zyyttty
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【答案】應(yīng)助回帖
| mof-74中的金屬原子用uff力場，而配體骨架結(jié)構(gòu)用dreding力場，而吸附的氣體分子通常用trappe力場，sorption做混合力場需要編輯一下。首先需要將MOF.xsd以car結(jié)構(gòu)導(dǎo)出，得到MOF.car和MOF.mdf均用寫字板打開，在MOF.car文件中將倒數(shù)第三列改為自己想要的符號，如C_R。注意字符不能太多(<4個），否則力場文件中將無法識別，同時設(shè)置MOF.mdf文件。保存后重新導(dǎo)入MS，通過右鍵/Label/Forcefield Type查看設(shè)置的力場類型是否正確；然后，用寫字板打開一個力場文件，將上述設(shè)置的力場類型寫入到ATOMTYPES中，最后，在DIAGONAL_VDW部分按照已有參數(shù)的格式加入新力場類型的兩種力場參數(shù)σ和ε，單位分別為Å和kcal/mol，力場文件編輯完畢 |
3樓2022-11-08 20:24:10
4樓2022-11-09 12:14:47
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力場決定了所有原子間的作用力，如果使用通用力場比如compass，可以得到一個粗糙的結(jié)果，但發(fā)文章不好發(fā) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
名字太長了5樓2022-11-09 14:30:17
6樓2022-11-10 12:41:10
7樓2022-11-13 20:13:35
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8樓2022-11-14 09:30:50
9樓2022-11-14 12:43:11
【答案】應(yīng)助回帖
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老師，您好！我有個問題想請教一下大神，MS sorption模塊中UFF力場中沒有三配位的銅的參數(shù)，我通過添加了Cu2+1的參數(shù)，F(xiàn)orcite模塊可以認(rèn)出力場了，但是Sorption還是不行，是我參數(shù)哪里還有問題嗎？我添加了原子類型那塊兒，還有_VDW，還有GENERATOR這兒。其他地方?jīng)]有本身沒有Cu3+1的地方?jīng)]有添加。非常感謝[愛心] 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2022-11-20 11:37:48
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