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pang04無蟲 (小有名氣)
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Amber、Gromacs學(xué)習(xí)心得 已有2人參與
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文章來源：公眾號“科研討論圈” 1.分子對接研究，Pymol軟件的使用，ACE2，蛋白小分子相互作用圖解，同源蛋白，蛋白模型優(yōu)化，構(gòu)建大環(huán)，天然產(chǎn)物，Autodock使用，蛋白受體格點計算，1IEP晶體復(fù)合物，ZDOCK的使用，Sybyl軟件的使用，3D-QSAR模型指導(dǎo)Drug Discovery，骨架替換等； 2.蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備，不同角度評價對接結(jié)果，化合物庫獲取，結(jié)果分析（打分值、能量項分解及相互作用），共價對接，藥效團特征修飾，富集分析等。 3.分子力學(xué)、分子力場、GCC/Open MPI/AMBER安裝運行、蛋白數(shù)據(jù)庫、對象模型構(gòu)建、MMPBSA方法、重要基團相互作用機理、經(jīng)典案例復(fù)現(xiàn)等。 4.GROMACS分子動力學(xué)蛋白模擬、藥物開發(fā)溶劑篩選，生物體系建模 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 一.分子動力學(xué)入門理/論 教學(xué)目標：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。 1分子力學(xué)簡介 1.1分子力學(xué)的基本假設(shè) 1.2分子力學(xué)的主要形式 2分子力場 2.1分子力場的簡介 2.2分子力場的原理 分子力場的分類及應(yīng)用 二.LINUX入門 教學(xué)目標：掌握數(shù)值計算平臺，熟悉計算機語言，能夠使用vim編輯器簡單編輯文件。 3LINUX 簡介 3.1用戶屬組及權(quán)限 3.2目錄文件屬性 3.3LINUX基礎(chǔ)命令 3.4LINUX環(huán)境變量 Shell常用命令練習(xí) 三.AMBER簡介及安裝 教學(xué)目標：了解Amber軟件歷史發(fā)展，熟悉安裝環(huán)境，支撐環(huán)境編譯。 4AMBER簡介和安裝 4.1GCC簡介及安裝 4.2Open MPI簡介及安裝 AMBER安裝運行 四.研究對象模型獲取 教學(xué)目標：如何確立研究對象，熟悉蛋白數(shù)據(jù)庫的使用，如何對研究對象建模。 5模型文件的預(yù)處理 5.1模型來源簡介 蛋白文件簡介 五.研究對象模型構(gòu)建 教學(xué)目標：熟悉模型預(yù)處理流程,掌握輸入文件的編寫，能夠獨立完成體系動力學(xué)之前的準備工作。 6模型文件的預(yù)處理 6.1蛋白預(yù)處理 小分子預(yù)處理 6.3AMBER力場簡介 6.4拓撲文件、坐標文件簡介 6.5top、crd文件的生成 6.6tleap模塊的使用 案例實踐： HIV-1復(fù)合物的預(yù)處理 六.分子動力學(xué)模擬 教學(xué)目標：分子動力學(xué)流程，AMBER軟件動力學(xué)原則 7能量優(yōu)化、分子動力學(xué)模擬 7.1能量優(yōu)化意義以及方法 7.2模擬溫度調(diào)節(jié)意義及方法 7.3溶劑模型分類及選擇 7.4動力學(xué)模擬輸入文件的編寫 7.5運行分子動力學(xué)模擬 7.6輸出內(nèi)容解讀 案例實踐： HIV-1復(fù)合體系能量優(yōu)化、分子動力學(xué)模擬 七.結(jié)合自由能計算 教學(xué)目標：熟悉結(jié)合自由能計算的意義、MMPBSA方法以及流程。 8焓變計算 8.1實驗數(shù)據(jù)分析及檢索 8.2MM/PBSA結(jié)合自由能計算原理 8.3GB模型講解及分類 8.4焓變輸入文件的編寫 焓變結(jié)果解讀 9熵變計算 9.1Nmode計算熵變原理 9.2熵變輸入文件的編寫 9.3焓變結(jié)果解讀 實驗值與理論值對照分析 案例實踐： HIV-1與抑制劑之間結(jié)合自由能計算 八.可視化軟件 教學(xué)目標：熟悉可視化軟件獲取渠道、軟件安裝以及基本使用，采用可視化軟件輔助科研工作。 103D可視化分析 10.1VMD安裝和使用 10.2Discovery Studio 安裝和使用 Pymol 安裝和使用 九.基于分子動力學(xué)的軌跡特征獲取 教學(xué)目標：從動力學(xué)模擬出的構(gòu)象出發(fā)，洞悉構(gòu)象轉(zhuǎn)變，解釋實驗想象，預(yù)測實驗結(jié)果 11構(gòu)象分析 11.1RMSD分析 11.2B-Factory 分析 RMSF分析 11.4RG分析 11.5二級結(jié)構(gòu)分析 11.6VMD動畫展示 距離角度測量 十.基于能量的相互作用機理分析 教學(xué)目標：從能量角度出發(fā)，分析分子間、殘基間、重要基團間相互作用機理，對實驗提供理論指導(dǎo) 12能量分析 12.1殘基分解（相互作用分析） 12.2丙氨酸掃描（尋找熱點殘基） 12.3氫鍵網(wǎng)絡(luò)（其它相互作用） 十一.經(jīng)典工作復(fù)現(xiàn) 教學(xué)目標：引導(dǎo)初學(xué)者了解本方向中經(jīng)典工作，復(fù)現(xiàn)工作中重要分析手段，加深同學(xué)對本方向的理解。 13經(jīng)典文獻工作復(fù)現(xiàn)(請同學(xué)在課前自行下載仔細閱讀) 13.1Jianzhong Chen, Xingyu Wang, Laixue Pang, John Z H Zhang, Tong Zhu. Nucleic Acids Res., 47(13): 26 Pages 6618–6631. DOI: 10.1093/nar/gkz499 (1)MM/GBSA結(jié)合自由能計算 (2)相關(guān)性分析 (3)相互作用能的提取與討論 (4)氫鍵網(wǎng)絡(luò)分析 (5)RMSF分析熱點殘基和活躍結(jié)構(gòu)區(qū)域 DCCP解析體系內(nèi)部動力學(xué)特征 13.2Fu, Tt., Tu, G., Ping, M. et al. Subtype-selective mechanisms of negative allosteric modulators binding to group I metabotropic glutamate receptors. Acta Pharmacol Sin (2020). DOI: 10.1038/s41401-020-00541-z (1)分子對接技術(shù) (2)MD模擬運動學(xué) (3)NAMs與mGlu1和mGlu5結(jié)合的初始結(jié)合構(gòu)象 (4)mGlu1-NAM配合物的相互作用及結(jié)合自由能分析 (5)NAM綁定mGlu1中的“熱點”和“熱點”殘基分析 (6)mGlu5-NAM配合物的相互作用及結(jié)合自由能分析 (7)NAM–mGlu5共同識別機制分析 (8)分子動力學(xué)模擬真實性檢測 (9)mGlu1和mGlu5對NAMs的選擇機制 (10)mGlu1和mGlu5中非保守殘基的不同性質(zhì)決定了NAMs的結(jié)合模式 (11)mGlu1和mGlu5中保守殘基穩(wěn)定NAMs結(jié)合模式的不同作用 雙靶標抑制劑的結(jié)合機制 |
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