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pang04

無蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 天然藥物化學

[交流] Amber、Gromacs學習心得已有2人參與

文章來源：公眾號“科研討論圈”

1.分子對接研究，Pymol軟件的使用，ACE2，蛋白小分子相互作用圖解，同源蛋白，蛋白模型優(yōu)化，構建大環(huán)，天然產物，Autodock使用，蛋白受體格點計算，1IEP晶體復合物，ZDOCK的使用，Sybyl軟件的使用，3D-QSAR模型指導Drug Discovery，骨架替換等；

2.蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備，不同角度評價對接結果，化合物庫獲取，結果分析（打分值、能量項分解及相互作用），共價對接，藥效團特征修飾，富集分析等。

3.分子力學、分子力場、GCC/Open MPI/AMBER安裝運行、蛋白數據庫、對象模型構建、MMPBSA方法、重要基團相互作用機理、經典案例復現等。

4.GROMACS分子動力學蛋白模擬、藥物開發(fā)溶劑篩選，生物體系建模

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一.分子動力學入門理/論
教學目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。
1分子力學簡介
1.1分子力學的基本假設
1.2分子力學的主要形式
2分子力場
2.1分子力場的簡介
2.2分子力場的原理
分子力場的分類及應用
二.LINUX入門
教學目標：掌握數值計算平臺，熟悉計算機語言，能夠使用vim編輯器簡單編輯文件。
3LINUX 簡介
3.1用戶屬組及權限
3.2目錄文件屬性
3.3LINUX基礎命令
3.4LINUX環(huán)境變量
Shell常用命令練習
三.AMBER簡介及安裝
教學目標：了解Amber軟件歷史發(fā)展，熟悉安裝環(huán)境，支撐環(huán)境編譯。
4AMBER簡介和安裝
4.1GCC簡介及安裝
4.2Open MPI簡介及安裝
AMBER安裝運行
四.研究對象模型獲取
教學目標：如何確立研究對象，熟悉蛋白數據庫的使用，如何對研究對象建模。
5模型文件的預處理
5.1模型來源簡介
蛋白文件簡介
五.研究對象模型構建
教學目標：熟悉模型預處理流程,掌握輸入文件的編寫，能夠獨立完成體系動力學之前的準備工作。
6模型文件的預處理
6.1蛋白預處理
小分子預處理
6.3AMBER力場簡介
6.4拓撲文件、坐標文件簡介
6.5top、crd文件的生成
6.6tleap模塊的使用
案例實踐：
HIV-1復合物的預處理
六.分子動力學模擬
教學目標：分子動力學流程，AMBER軟件動力學原則
7能量優(yōu)化、分子動力學模擬
7.1能量優(yōu)化意義以及方法
7.2模擬溫度調節(jié)意義及方法
7.3溶劑模型分類及選擇
7.4動力學模擬輸入文件的編寫
7.5運行分子動力學模擬
7.6輸出內容解讀
案例實踐：
HIV-1復合體系能量優(yōu)化、分子動力學模擬
七.結合自由能計算
教學目標：熟悉結合自由能計算的意義、MMPBSA方法以及流程。
8焓變計算
8.1實驗數據分析及檢索
8.2MM/PBSA結合自由能計算原理
8.3GB模型講解及分類
8.4焓變輸入文件的編寫
焓變結果解讀
9熵變計算
9.1Nmode計算熵變原理
9.2熵變輸入文件的編寫
9.3焓變結果解讀
實驗值與理論值對照分析
案例實踐：
HIV-1與抑制劑之間結合自由能計算
八.可視化軟件
教學目標：熟悉可視化軟件獲取渠道、軟件安裝以及基本使用，采用可視化軟件輔助科研工作。
103D可視化分析
10.1VMD安裝和使用
10.2Discovery Studio 安裝和使用
Pymol 安裝和使用
九.基于分子動力學的軌跡特征獲取
教學目標：從動力學模擬出的構象出發(fā)，洞悉構象轉變，解釋實驗想象，預測實驗結果
11構象分析
11.1RMSD分析
11.2B-Factory 分析
RMSF分析
11.4RG分析
11.5二級結構分析
11.6VMD動畫展示
距離角度測量
十.基于能量的相互作用機理分析
教學目標：從能量角度出發(fā)，分析分子間、殘基間、重要基團間相互作用機理，對實驗提供理論指導
12能量分析
12.1殘基分解（相互作用分析）
12.2丙氨酸掃描（尋找熱點殘基）
12.3氫鍵網絡（其它相互作用）
十一.經典工作復現
教學目標：引導初學者了解本方向中經典工作，復現工作中重要分析手段，加深同學對本方向的理解。
13經典文獻工作復現(請同學在課前自行下載仔細閱讀)
13.1Jianzhong Chen, Xingyu Wang, Laixue Pang, John Z H Zhang, Tong Zhu. Nucleic Acids Res., 47(13): 26 Pages 6618–6631.
DOI: 10.1093/nar/gkz499
(1)MM/GBSA結合自由能計算
(2)相關性分析
(3)相互作用能的提取與討論
(4)氫鍵網絡分析
(5)RMSF分析熱點殘基和活躍結構區(qū)域
DCCP解析體系內部動力學特征
13.2Fu, Tt., Tu, G., Ping, M. et al. Subtype-selective mechanisms of negative allosteric modulators binding to group I metabotropic glutamate receptors. Acta Pharmacol Sin (2020).
DOI: 10.1038/s41401-020-00541-z
(1)分子對接技術
(2)MD模擬運動學
(3)NAMs與mGlu1和mGlu5結合的初始結合構象
(4)mGlu1-NAM配合物的相互作用及結合自由能分析
(5)NAM綁定mGlu1中的“熱點”和“熱點”殘基分析
(6)mGlu5-NAM配合物的相互作用及結合自由能分析
(7)NAM–mGlu5共同識別機制分析
(8)分子動力學模擬真實性檢測
(9)mGlu1和mGlu5對NAMs的選擇機制
(10)mGlu1和mGlu5中非保守殘基的不同性質決定了NAMs的結合模式
(11)mGlu1和mGlu5中保守殘基穩(wěn)定NAMs結合模式的不同作用
雙靶標抑制劑的結合機制

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1樓 2022-02-22 16:57:10

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匿名

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2樓2022-03-23 15:56:54

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summer君君

鐵蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 微生物生理與生物化學

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有蘋果M2電腦安裝Amber、Gromacs的教程嗎，感謝

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3樓2024-10-08 14:38:48

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