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Schrodinger--柔性對接 ，，基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選
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計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)是通過計(jì)算機(jī)模擬、計(jì)算和預(yù)算藥物與受體生物大分子之間的關(guān)系，設(shè)計(jì)和優(yōu)化先導(dǎo)化合物的方法；近年來，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)已經(jīng)取得一定成就，特別是在新冠肺炎爆發(fā)后，很多研究機(jī)構(gòu)和企業(yè)采用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)方法輔助進(jìn)行了很多研究工作。在新型冠狀病毒的治療方案中，通過同源建模方法發(fā)布了新冠病毒的三維結(jié)構(gòu)，通過藥物靶標(biāo)預(yù)測、篩選出針對新型冠狀病毒的藥物，通過一系列計(jì)算機(jī)輔助藥物生物計(jì)算的方法發(fā)現(xiàn)一大類藥物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，為治療新冠提供了新機(jī)理和新思路。 本次計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)系列課程共分兩個專題，《基礎(chǔ)班：CADD專題》、《進(jìn)階班：薛定諤專題》。每個專題單獨(dú)小班授課，運(yùn)用不同的專業(yè)軟件對知識進(jìn)行由淺入深，層層遞進(jìn)分階段系統(tǒng)講解，配合案例邊講邊練，讓學(xué)員能運(yùn)用專業(yè)軟件針對每個技術(shù)點(diǎn)進(jìn)行上機(jī)操作； 2、幫助學(xué)員掌握和運(yùn)用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)專業(yè)軟件工具應(yīng)用于先導(dǎo)化合物發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化的藥物分子設(shè)計(jì)過程，提高藥物設(shè)計(jì)水平、速度和成功率，使藥物設(shè)計(jì)從基于偶然性趨向于定向化和合理化。課堂上建立班級交流平臺，學(xué)員學(xué)完后可以繼續(xù)與老師同學(xué)交流問題，鞏固學(xué)習(xí)內(nèi)容。 基礎(chǔ)班：CADD專題培訓(xùn) 2022年01月08日-01月09日 在線直播（授課2天） 2022年01月15日-01月16日 在線直播（授課2天） 進(jìn)階班：薛定諤專題培訓(xùn) 2022年01月22日-01月23日 在線直播（授課2天） 系列課程（一）基礎(chǔ)班：CADD專題線上培訓(xùn)課表 課程名稱 課程內(nèi)容 生物分子互作基礎(chǔ) 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數(shù)據(jù)庫 1. PDB 數(shù)據(jù)庫介紹 1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫功能 1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源 1.3 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性 2.PDB 數(shù)據(jù)庫的使用 2.1 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.2 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)序列下載 2.3 靶點(diǎn)蛋白背景分析及相關(guān)數(shù)據(jù)資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結(jié)構(gòu) 蛋白結(jié)構(gòu)分析 1. Pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設(shè)置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.Pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 Pymol動畫制作 3.實(shí)例講解與練習(xí)： （1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖 （2）制作結(jié)合口袋表面圖 （3）Bcr/Abl靶點(diǎn)的PDB結(jié)構(gòu)疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶體復(fù)合物，制作蛋白-蛋白相互作用圖 Cartoon Surface Surface of binding site 圖一：Pymol 軟件制作蛋白表面圖 課程名稱 課程內(nèi)容 生物分子互作基礎(chǔ) 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數(shù)據(jù)庫 1. PDB 數(shù)據(jù)庫介紹 1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫功能 1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源 1.3 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性 2.PDB 數(shù)據(jù)庫的使用 2.1 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.2 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)序列下載 2.3 靶點(diǎn)蛋白背景分析及相關(guān)數(shù)據(jù)資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結(jié)構(gòu) 蛋白結(jié)構(gòu)分析 1. Pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設(shè)置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.Pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 Pymol動畫制作 3.實(shí)例講解與練習(xí)： （1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖 （2）制作結(jié)合口袋表面圖 （3）Bcr/Abl靶點(diǎn)的PDB結(jié)構(gòu)疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶體復(fù)合物，制作蛋白-蛋白相互作用圖 詳情可參考： https://share.weiyun.com/2fn2QcJN |
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