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[交流]
Schrodinger--柔性對接 ，，基于結構的虛擬篩選
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計算機輔助藥物設計是通過計算機模擬、計算和預算藥物與受體生物大分子之間的關系，設計和優(yōu)化先導化合物的方法；近年來，計算機輔助藥物設計已經(jīng)取得一定成就，特別是在新冠肺炎爆發(fā)后，很多研究機構和企業(yè)采用計算機輔助藥物設計方法輔助進行了很多研究工作。在新型冠狀病毒的治療方案中，通過同源建模方法發(fā)布了新冠病毒的三維結構，通過藥物靶標預測、篩選出針對新型冠狀病毒的藥物，通過一系列計算機輔助藥物生物計算的方法發(fā)現(xiàn)一大類藥物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，為治療新冠提供了新機理和新思路。 本次計算機輔助藥物設計系列課程共分兩個專題，《基礎班：CADD專題》、《進階班：薛定諤專題》。每個專題單獨小班授課，運用不同的專業(yè)軟件對知識進行由淺入深，層層遞進分階段系統(tǒng)講解，配合案例邊講邊練，讓學員能運用專業(yè)軟件針對每個技術點進行上機操作； 2、幫助學員掌握和運用計算機輔助藥物設計專業(yè)軟件工具應用于先導化合物發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化的藥物分子設計過程，提高藥物設計水平、速度和成功率，使藥物設計從基于偶然性趨向于定向化和合理化。課堂上建立班級交流平臺，學員學完后可以繼續(xù)與老師同學交流問題，鞏固學習內(nèi)容。 基礎班：CADD專題培訓 2022年01月08日-01月09日 在線直播（授課2天） 2022年01月15日-01月16日 在線直播（授課2天） 進階班：薛定諤專題培訓 2022年01月22日-01月23日 在線直播（授課2天） 系列課程（一）基礎班：CADD專題線上培訓課表 課程名稱 課程內(nèi)容 生物分子互作基礎 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數(shù)據(jù)庫 1. PDB 數(shù)據(jù)庫介紹 1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫功能 1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源 1.3 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性 2.PDB 數(shù)據(jù)庫的使用 2.1 靶點蛋白結構類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.2 靶點蛋白結構序列下載 2.3 靶點蛋白背景分析及相關數(shù)據(jù)資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結構 蛋白結構分析 1. Pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.Pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結構疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 Pymol動畫制作 3.實例講解與練習： （1）尼洛替尼與靶點的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導出結合模式圖 （2）制作結合口袋表面圖 （3）Bcr/Abl靶點的PDB結構疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶體復合物，制作蛋白-蛋白相互作用圖 Cartoon Surface Surface of binding site 圖一：Pymol 軟件制作蛋白表面圖 課程名稱 課程內(nèi)容 生物分子互作基礎 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數(shù)據(jù)庫 1. PDB 數(shù)據(jù)庫介紹 1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫功能 1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源 1.3 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性 2.PDB 數(shù)據(jù)庫的使用 2.1 靶點蛋白結構類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.2 靶點蛋白結構序列下載 2.3 靶點蛋白背景分析及相關數(shù)據(jù)資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結構 蛋白結構分析 1. Pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.Pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結構疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 Pymol動畫制作 3.實例講解與練習： （1）尼洛替尼與靶點的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導出結合模式圖 （2）制作結合口袋表面圖 （3）Bcr/Abl靶點的PDB結構疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶體復合物，制作蛋白-蛋白相互作用圖 詳情可參考： https://share.weiyun.com/2fn2QcJN |
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