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有何不可瓊銀蟲 (著名寫手)
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[交流]
均方位移分析
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計算VASP MD之后,大家一般用什么方式分析均方位移MSD ? 我在網(wǎng)上看了一些資料,分別嘗試了用vaspkit后處理和直接用VMD處理,但得到的效果差別很大。 如圖: 第一個圖是用vaspkit處理得到的,基本上滿足隨著時間增加,均方位移越來越大,因?yàn)槲易龅膽?yīng)該是個液體體系,我感覺這個更像一點(diǎn)。 第二個圖是用VMD處理vasprun.xml文件得到的,這個我是參考了網(wǎng)上的一些教程。有不對齊,對齊的,有選擇all的,也有選擇某個原子的,我都試了下?瓷先ザ际沁@種震蕩的畫風(fēng)。網(wǎng)上給出的很多教程,也是這個風(fēng)格。 但兩者似乎完全不一樣啊。 第一個做這個圖,沒啥經(jīng)驗(yàn)。求有經(jīng)驗(yàn)的同行指點(diǎn)一二,我做得哪里有問題? 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

銀蟲 (著名寫手)
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我已經(jīng)弄明白了,兩者不一樣。 一個是均方根位移,RMSD,是判斷結(jié)構(gòu)是否穩(wěn)定的一個指標(biāo)。 一個是均方位移,MSD,是描述流體擴(kuò)散性能的一個指數(shù)。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

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[基金申請]
剛錄用,沒有期刊號,但是在線可看的論文可以放為代表作嗎
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