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| 【有獎(jiǎng)交流】積極回復(fù)本帖子，參與交流，就有機(jī)會(huì)分得作者 有何不可瓊 的 20 個(gè)金幣 | |||
有何不可瓊銀蟲 (著名寫手)
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[交流]
均方位移分析
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計(jì)算VASP MD之后，大家一般用什么方式分析均方位移MSD �。� 我在網(wǎng)上看了一些資料，分別嘗試了用vaspkit后處理和直接用VMD處理，但得到的效果差別很大。 如圖： 第一個(gè)圖是用vaspkit處理得到的，基本上滿足隨著時(shí)間增加，均方位移越來越大，因?yàn)槲易龅膽?yīng)該是個(gè)液體體系，我感覺這個(gè)更像一點(diǎn)。 第二個(gè)圖是用VMD處理vasprun.xml文件得到的，這個(gè)我是參考了網(wǎng)上的一些教程。有不對(duì)齊，對(duì)齊的，有選擇all的，也有選擇某個(gè)原子的，我都試了下。看上去都是這種震蕩的畫風(fēng)。網(wǎng)上給出的很多教程，也是這個(gè)風(fēng)格。 但兩者似乎完全不一樣啊。 第一個(gè)做這個(gè)圖，沒啥經(jīng)驗(yàn)。求有經(jīng)驗(yàn)的同行指點(diǎn)一二，我做得哪里有問題？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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有何不可瓊
銀蟲 (著名寫手)
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- 注冊(cè): 2012-02-18
- 性別: MM
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
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我已經(jīng)弄明白了，兩者不一樣。 一個(gè)是均方根位移，RMSD，是判斷結(jié)構(gòu)是否穩(wěn)定的一個(gè)指標(biāo)。 一個(gè)是均方位移，MSD，是描述流體擴(kuò)散性能的一個(gè)指數(shù)。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2021-09-23 17:09:28
3樓2024-05-16 20:07:32
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