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ocbrother新蟲 (初入文壇)
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[交流]
如何利用MS計(jì)算水的自擴(kuò)散系數(shù) 已有2人參與
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各位老師和科研兄弟姐妹們，我想用MS計(jì)算水的自擴(kuò)散系數(shù)，但是算的值一直比實(shí)驗(yàn)值2.39e-9大兩倍左右。計(jì)算方法如下。 1.Amorphous建立含有500個(gè)水分子的體系并進(jìn)行g(shù)eometry優(yōu)化， 2.NPT系綜，COMPASS力場(chǎng)，控溫veolicity-scale,控壓-berendsen,靜電作用-Ewald, VDW-atom based,cut-off為盒子的一半，500ps模擬 3.密度穩(wěn)定后，切換到NVT系綜，控溫NHL,非鍵作用同上，1000ps模擬 4.設(shè)置sets后，對(duì)XTD進(jìn)行MSD再計(jì)算斜率 不知哪里出了問題，請(qǐng)各位指點(diǎn)一二。 |
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4樓2021-04-06 11:13:47
郭同學(xué)
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2樓2020-12-15 20:17:19
ocbrother
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3樓2020-12-15 22:00:49
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