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[求助]
NAMD/lambda-REMD segmentation fault/ Desmond ligand mutation fep
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大家好 我計劃做一個NMAD FEP/ lambda-REMD 計算兩個小分子配體對一個蛋白靶點的結(jié)合自由能差異 （relative binding affinity by free energy pertubation）， 腳本文件均有CHARMM-GUI input generator 產(chǎn)生。 一共有5個腳本，其中1，2 非常簡單，第三個為關(guān)鍵運行腳本如下圖附件，其中已經(jīng)列出我所使用的cluster node 的配置信息，以及namd 的運行代碼，namd2 equ_$system.namd >...一行已經(jīng)運行完畢，沒有問題。（實際運行時，加了+p32， 以使得namd/2.13-multicore 使用32個cpu 進行32 threads 的計算）。 問題出在后面的 namd2 + replicas 32... 環(huán)節(jié)， 錯誤提示是segmentation fault, 通常的解釋是首先懷疑磁盤空間不夠用，已經(jīng)嘗試將PBS -l mem=16gb, 增加至 —PBS -l mem=32gb, 仍然出現(xiàn)同樣的報錯。同樣也已經(jīng)嘗試 ulimit -s unlimited, 無效。 為了做trouble shotting, 我沒有一次提交附件1的pbs 文件至我所使用的cluster， 也就是沒有使用batch 模式，而是使用interactive job模式，即首先申請#PBS -l 所要求的資源，分配我node 后, 手動load 所需運行環(huán)境：module load intel/18.0.1.163 module load openmpi/3.1.2-intel module load namd/2-13-multicore (or namd/2-13-mpi ???) 現(xiàn)在已知代碼namd2 equ_$system... 一行運行無錯誤, 因為手動單獨運行該行命令(實際運行時加了 +p32, 因為申請了32 塊CPU)，幾小時后可成功得到結(jié)果 equ_site.out (namd/2.13-multicore) 好像無法單獨運行 namd2 +replicas ... , 因為互相迭代關(guān)系的存在？我嘗試單獨運行第一行 replicas 即變量為0時 提示restart number wrong。 為了一起運行后面有問題的 namd2 +replicas ,,,, 我刪除了沒問題的 equ_$system 行， 剩下的部分單獨做了一個附件2的腳本。 然后使用命令“csh 附件2.csh” 提交該csh 腳本(node 默認(rèn)語言環(huán)境為bash，而charm-gui 生成腳本為csh)，然后就會出現(xiàn)上面提到的segmentation fault. 而是時大量刷屏出現(xiàn)的那種，感覺上replicas 迭代試圖運行，但是每一個都遇到該segmentation fault問題，單僅為猜測。 有幾個問題：1 namd/2.13-multicore 是否支持 REMD simulation ? 2. 如果需要load namd/2.13-mpi, 如何運行？namd2 ? mpirun ? 3. 是否必須要通過replica exchange MD (REMD) 才能做FEP ？ 4. 關(guān)于bash/csh 的切換，是否恰當(dāng)？ 謝謝！ 附件1.png 附件2.png 附件3.png |
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