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NAMD/lambda-REMD segmentation fault/ Desmond ligand mutation fep
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大家好 我計(jì)劃做一個(gè)NMAD FEP/ lambda-REMD 計(jì)算兩個(gè)小分子配體對(duì)一個(gè)蛋白靶點(diǎn)的結(jié)合自由能差異 （relative binding affinity by free energy pertubation）， 腳本文件均有CHARMM-GUI input generator 產(chǎn)生。 一共有5個(gè)腳本，其中1，2 非常簡(jiǎn)單，第三個(gè)為關(guān)鍵運(yùn)行腳本如下圖附件，其中已經(jīng)列出我所使用的cluster node 的配置信息，以及namd 的運(yùn)行代碼，namd2 equ_$system.namd >...一行已經(jīng)運(yùn)行完畢，沒(méi)有問(wèn)題。（實(shí)際運(yùn)行時(shí)，加了+p32， 以使得namd/2.13-multicore 使用32個(gè)cpu 進(jìn)行32 threads 的計(jì)算）。 問(wèn)題出在后面的 namd2 + replicas 32... 環(huán)節(jié)， 錯(cuò)誤提示是segmentation fault, 通常的解釋是首先懷疑磁盤(pán)空間不夠用，已經(jīng)嘗試將PBS -l mem=16gb, 增加至 —PBS -l mem=32gb, 仍然出現(xiàn)同樣的報(bào)錯(cuò)。同樣也已經(jīng)嘗試 ulimit -s unlimited, 無(wú)效。 為了做trouble shotting, 我沒(méi)有一次提交附件1的pbs 文件至我所使用的cluster， 也就是沒(méi)有使用batch 模式，而是使用interactive job模式，即首先申請(qǐng)#PBS -l 所要求的資源，分配我node 后, 手動(dòng)load 所需運(yùn)行環(huán)境：module load intel/18.0.1.163 module load openmpi/3.1.2-intel module load namd/2-13-multicore (or namd/2-13-mpi ???) 現(xiàn)在已知代碼namd2 equ_$system... 一行運(yùn)行無(wú)錯(cuò)誤, 因?yàn)槭謩?dòng)單獨(dú)運(yùn)行該行命令(實(shí)際運(yùn)行時(shí)加了 +p32, 因?yàn)樯暾?qǐng)了32 塊CPU)，幾小時(shí)后可成功得到結(jié)果 equ_site.out (namd/2.13-multicore) 好像無(wú)法單獨(dú)運(yùn)行 namd2 +replicas ... , 因?yàn)榛ハ嗟P(guān)系的存在？我嘗試單獨(dú)運(yùn)行第一行 replicas 即變量為0時(shí) 提示restart number wrong。 為了一起運(yùn)行后面有問(wèn)題的 namd2 +replicas ,,,, 我刪除了沒(méi)問(wèn)題的 equ_$system 行， 剩下的部分單獨(dú)做了一個(gè)附件2的腳本。 然后使用命令“csh 附件2.csh” 提交該csh 腳本(node 默認(rèn)語(yǔ)言環(huán)境為bash，而charm-gui 生成腳本為csh)，然后就會(huì)出現(xiàn)上面提到的segmentation fault. 而是時(shí)大量刷屏出現(xiàn)的那種，感覺(jué)上replicas 迭代試圖運(yùn)行，但是每一個(gè)都遇到該segmentation fault問(wèn)題，單僅為猜測(cè)。 有幾個(gè)問(wèn)題：1 namd/2.13-multicore 是否支持 REMD simulation ? 2. 如果需要load namd/2.13-mpi, 如何運(yùn)行？namd2 ? mpirun ? 3. 是否必須要通過(guò)replica exchange MD (REMD) 才能做FEP ？ 4. 關(guān)于bash/csh 的切換，是否恰當(dāng)？ 謝謝！ 附件1.png 附件2.png 附件3.png |
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