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使用MolAICal進(jìn)行配體相似性比較或搜索的操作教程
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使用MolAICal進(jìn)行配體相似性比較或搜索的操作教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 某些情況下配體的相似性比較和搜索可以幫助科學(xué)家快速找到有潛力的化合物。本教程介紹了分子指紋相似性和3D結(jié)構(gòu)相似性的比較和搜索，本教程可以用于分子相似性比較，和基于指定配體結(jié)構(gòu)的簡單虛擬篩選。 2. 工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/011-similaritySearch 3.操作流程 3.1. 指紋相似性搜索 轉(zhuǎn)至 “011-similaritySearch/fingerprint”文件目錄下： #> cd 011-similaritySearch/fingerprint 1. 在Linux控制臺中使用“l(fā)s > listfiles.dat” 命令，或者在windows系統(tǒng)的DOS控制臺使用命令“dir /b > listfiles.dat”命令。打開生成的“l(fā)istfiles.dat”文件，刪除無用描述，確保“l(fā)istfiles.dat”中只包含配體的名稱。 2. 運(yùn)行以下命令： 命令運(yùn)行結(jié)束后會生成“result.dat”文件，該文件包含了與“l(fā)istfiles.dat”中名稱順序相對應(yīng)的結(jié)構(gòu)相似預(yù)測數(shù)據(jù)。 注意： “result.dat” 文件中除了以 “#”開頭的的注釋行，第一行是被用于比較的配體。 3.2. 3D結(jié)構(gòu)相似性搜索及比較 轉(zhuǎn)至“011-similaritySearch/3Dsimilarity”文件目錄下： #> cd 011-similaritySearch/3Dsimilarity 1. 在Linux控制臺中使用“l(fā)s > listfiles.dat” 命令，或者在windows系統(tǒng)的DOS控制臺使用命令“dir /b > listfiles.dat”命令。打開生成的“l(fā)istfiles.dat”文件，刪除無用描述，確�！發(fā)istfiles.dat”文件中只包含配體的名稱。 2. 運(yùn)行以下命令： 命令運(yùn)行結(jié)束后會生成“result.dat”文件，該文件包含了與“l(fā)istfiles.dat”中除去第一行的名稱順序相對應(yīng)的結(jié)構(gòu)相似預(yù)測數(shù)據(jù)。 注意： “result.dat”文件中第一行不是被比較的配體�！皉esult.dat”中的第一行與“l(fā)istfiles.dat”中的第二行相對應(yīng)，“result.dat” 中的第二行與“l(fā)istfiles.dat”中的第三行相對應(yīng)，以此類推。 此外，MolAICal可以比較兩個配體的3D結(jié)構(gòu)相似性，命令如下： 3.3. 將結(jié)果排序 排序選用3D結(jié)構(gòu)相似性搜索的結(jié)果，你也可以參考這個例子對指紋相似性搜索的結(jié)果進(jìn)行排序。 如果你是用的是Linux系統(tǒng)，首先“l(fā)istfiles.dat”文件需要和“result.dat”相對應(yīng)。刪除 “l(fā)istfiles.dat”中的第一行，執(zhí)行以下命令來完成此操作： 此步所生成的“rank.dat”文件包含排序的結(jié)果。 如果你用的是Window系統(tǒng) ，首先“l(fā)istfiles.dat”文件需要和“result.dat”相對應(yīng)。刪除“l(fā)istfiles.dat”中的第一行，通過以下步驟來完成此操作： 打開Excel，將“result.dat”中的內(nèi)容復(fù)制到第一列，將“l(fā)istfiles.dat”中的內(nèi)容復(fù)制到第二列。選擇第一列中所有的數(shù)據(jù)，然后點(diǎn)擊Excel上的“Sort Largest to Smallest”(如圖1所示)。 圖1. Excel中排序操作示意圖 |
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