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使用MolAICal進行配體相似性比較或搜索的操作教程
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使用MolAICal進行配體相似性比較或搜索的操作教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 某些情況下配體的相似性比較和搜索可以幫助科學家快速找到有潛力的化合物。本教程介紹了分子指紋相似性和3D結(jié)構(gòu)相似性的比較和搜索，本教程可以用于分子相似性比較，和基于指定配體結(jié)構(gòu)的簡單虛擬篩選。 2. 工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/011-similaritySearch 3.操作流程 3.1. 指紋相似性搜索 轉(zhuǎn)至 “011-similaritySearch/fingerprint”文件目錄下： #> cd 011-similaritySearch/fingerprint 1. 在Linux控制臺中使用“l(fā)s > listfiles.dat” 命令，或者在windows系統(tǒng)的DOS控制臺使用命令“dir /b > listfiles.dat”命令。打開生成的“l(fā)istfiles.dat”文件，刪除無用描述，確�！發(fā)istfiles.dat”中只包含配體的名稱。 2. 運行以下命令： 命令運行結(jié)束后會生成“result.dat”文件，該文件包含了與“l(fā)istfiles.dat”中名稱順序相對應的結(jié)構(gòu)相似預測數(shù)據(jù)。 注意： “result.dat” 文件中除了以 “#”開頭的的注釋行，第一行是被用于比較的配體。 3.2. 3D結(jié)構(gòu)相似性搜索及比較 轉(zhuǎn)至“011-similaritySearch/3Dsimilarity”文件目錄下： #> cd 011-similaritySearch/3Dsimilarity 1. 在Linux控制臺中使用“l(fā)s > listfiles.dat” 命令，或者在windows系統(tǒng)的DOS控制臺使用命令“dir /b > listfiles.dat”命令。打開生成的“l(fā)istfiles.dat”文件，刪除無用描述，確保“l(fā)istfiles.dat”文件中只包含配體的名稱。 2. 運行以下命令： 命令運行結(jié)束后會生成“result.dat”文件，該文件包含了與“l(fā)istfiles.dat”中除去第一行的名稱順序相對應的結(jié)構(gòu)相似預測數(shù)據(jù)。 注意： “result.dat”文件中第一行不是被比較的配體。“result.dat”中的第一行與“l(fā)istfiles.dat”中的第二行相對應，“result.dat” 中的第二行與“l(fā)istfiles.dat”中的第三行相對應，以此類推。 此外，MolAICal可以比較兩個配體的3D結(jié)構(gòu)相似性，命令如下： 3.3. 將結(jié)果排序 排序選用3D結(jié)構(gòu)相似性搜索的結(jié)果，你也可以參考這個例子對指紋相似性搜索的結(jié)果進行排序。 如果你是用的是Linux系統(tǒng)，首先“l(fā)istfiles.dat”文件需要和“result.dat”相對應。刪除 “l(fā)istfiles.dat”中的第一行，執(zhí)行以下命令來完成此操作： 此步所生成的“rank.dat”文件包含排序的結(jié)果。 如果你用的是Window系統(tǒng) ，首先“l(fā)istfiles.dat”文件需要和“result.dat”相對應。刪除“l(fā)istfiles.dat”中的第一行，通過以下步驟來完成此操作： 打開Excel，將“result.dat”中的內(nèi)容復制到第一列，將“l(fā)istfiles.dat”中的內(nèi)容復制到第二列。選擇第一列中所有的數(shù)據(jù)，然后點擊Excel上的“Sort Largest to Smallest”(如圖1所示)。 圖1. Excel中排序操作示意圖 |
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