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使用MolAICal基于NAMD模擬結(jié)果計算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 已有1人參與
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使用MolAICal基于NAMD模擬結(jié)果計算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 在本教程中介紹了基于NAMD的分子動力學模擬結(jié)果，使用MolAICal計算小分子和Mpro蛋白受體MM/GBSA的方法。本教程只是一個簡單演示。為了節(jié)省運行及存儲空間，本教程僅選擇了Mpro復合物分子動力學模擬的25幀用于計算。 2.工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal : https://molaical.github.io 2) NAMD: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/004-MMGBSA 3. 操作流程 轉(zhuǎn)到以下目錄： #> cd 004-MMGBSA 3.1. 提取蛋白與配體復合物的軌跡文件 -args: 其用法類似VMD軟件中的“atomselect”命令，比如"atomselect top protein or resname LIG"，此處逗號"," 代表空格。其中腳本文件stripDCD.vmd可以在本教程材料或MolAICal軟件的“scripts”目錄里面找到。 執(zhí)行上述命令后生成complex.psf, complex.pdb 和 complex.dcd文件。將“GBIS” 和“sasa”參數(shù)設置為on。打開并按照下文內(nèi)容修改“complex.conf”文件： -------------------------------------------------------------------------- structure complex.psf coordinates complex.pdb outputName complex paraTypeCharmm on parameters par_all36_prot.prm parameters par_all36_cgenff.prm parameters ligand.str parameters toppar_water_ions.str coorfile open dcd complex.dcd -------------------------------------------------------------------------- 本教程中命令在CPU上運行。你可以選擇GPU進行運算。在Linux系統(tǒng)下運行NAMD命令，如下： 其中符號“&”代表程序在Linux系統(tǒng)中進行后臺運行，如果你使用的是Windows操作系統(tǒng)，請不要用“&”，例如，命令換成這樣： 3.2. 僅提取蛋白的軌跡文件： 上述命令會生成 protein.psf, protein.pdb和protein.dcd。打開“protein.conf”，參考 “complex.conf”修改相關參數(shù)。 本教程中命令在CPU上運行。你可以選擇GPU進行運算。在Linux系統(tǒng)下運行NAMD命令，如下： 3.3. 僅提取配體的軌跡文件： 上述命令會生成 ligand.psf, ligand.pdb和ligand.dcd。打開“l(fā)igand.conf”，參考 “complex.conf”修改相關參數(shù)。 本教程中命令在CPU上運行。你可以選擇GPU進行運算。在Linux系統(tǒng)下運行NAMD命令，如下： 4. 用MolAICal計算MM/GBSA 輸出結(jié)果中給出下文所示的結(jié)合自由能△G： -------------------------------------------------------------------------- delta E(internal): -4.0000007572871255E-6 delta E(electrostatic) + deltaG(sol): 7.702936000001536 delta E(VDW) + deltaG(sol): -44.43611599999989 delta G binding: -36.73318399999911 -------------------------------------------------------------------------- |
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