 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1774 | 回復(fù): 2 | |||
[交流]
使用MolAICal基于NAMD模擬結(jié)果計(jì)算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 已有1人參與
|
|
使用MolAICal基于NAMD模擬結(jié)果計(jì)算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 更多教程（含英文教程）請(qǐng)見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 在本教程中介紹了基于NAMD的分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果，使用MolAICal計(jì)算小分子和Mpro蛋白受體MM/GBSA的方法。本教程只是一個(gè)簡單演示。為了節(jié)省運(yùn)行及存儲(chǔ)空間，本教程僅選擇了Mpro復(fù)合物分子動(dòng)力學(xué)模擬的25幀用于計(jì)算。 2.工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal : https://molaical.github.io 2) NAMD: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/004-MMGBSA 3. 操作流程 轉(zhuǎn)到以下目錄： #> cd 004-MMGBSA 3.1. 提取蛋白與配體復(fù)合物的軌跡文件 -args: 其用法類似VMD軟件中的“atomselect”命令，比如"atomselect top protein or resname LIG"，此處逗號(hào)"," 代表空格。其中腳本文件stripDCD.vmd可以在本教程材料或MolAICal軟件的“scripts”目錄里面找到。 執(zhí)行上述命令后生成complex.psf, complex.pdb 和 complex.dcd文件。將“GBIS” 和“sasa”參數(shù)設(shè)置為on。打開并按照下文內(nèi)容修改“complex.conf”文件： -------------------------------------------------------------------------- structure complex.psf coordinates complex.pdb outputName complex paraTypeCharmm on parameters par_all36_prot.prm parameters par_all36_cgenff.prm parameters ligand.str parameters toppar_water_ions.str coorfile open dcd complex.dcd -------------------------------------------------------------------------- 本教程中命令在CPU上運(yùn)行。你可以選擇GPU進(jìn)行運(yùn)算。在Linux系統(tǒng)下運(yùn)行NAMD命令，如下： 其中符號(hào)“&”代表程序在Linux系統(tǒng)中進(jìn)行后臺(tái)運(yùn)行，如果你使用的是Windows操作系統(tǒng)，請(qǐng)不要用“&”，例如，命令換成這樣： 3.2. 僅提取蛋白的軌跡文件： 上述命令會(huì)生成 protein.psf, protein.pdb和protein.dcd。打開“protein.conf”，參考 “complex.conf”修改相關(guān)參數(shù)。 本教程中命令在CPU上運(yùn)行。你可以選擇GPU進(jìn)行運(yùn)算。在Linux系統(tǒng)下運(yùn)行NAMD命令，如下： 3.3. 僅提取配體的軌跡文件： 上述命令會(huì)生成 ligand.psf, ligand.pdb和ligand.dcd。打開“l(fā)igand.conf”，參考 “complex.conf”修改相關(guān)參數(shù)。 本教程中命令在CPU上運(yùn)行。你可以選擇GPU進(jìn)行運(yùn)算。在Linux系統(tǒng)下運(yùn)行NAMD命令，如下： 4. 用MolAICal計(jì)算MM/GBSA 輸出結(jié)果中給出下文所示的結(jié)合自由能△G： -------------------------------------------------------------------------- delta E(internal): -4.0000007572871255E-6 delta E(electrostatic) + deltaG(sol): 7.702936000001536 delta E(VDW) + deltaG(sol): -44.43611599999989 delta G binding: -36.73318399999911 -------------------------------------------------------------------------- |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
木蟲好像不熱鬧了，是不是？
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
288求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
化工284求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工296分求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
2026級(jí)碩士研究生招生/調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
新疆大學(xué)地質(zhì)與礦業(yè)工程學(xué)院招生
已經(jīng)有32人回復(fù)
-
0856材料與化工353分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
282分材料專業(yè)求調(diào)劑院校
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
315食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
zxhuizhang
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 29 (小學(xué)生)
- 金幣: 3298.8
- 散金: 210
- 紅花: 5
- 帖子: 556
- 在線: 291.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1767911
- 注冊(cè): 2012-04-20
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
2樓2021-02-02 12:12:09
3樓2021-04-27 12:26:15
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 MolAICal 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑 +3 | mingmingry 2026-03-09 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，總分309分，一志愿華南師范 +3 | 花與葉@ 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +6 | Bananaiy 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑085600材料與化工 +13 | Daunrin 2026-03-07 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工材料求調(diào)劑 +4 | mysdl 2026-03-07 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 物理學(xué)求調(diào)劑 +3 | sx宋 2026-03-05 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 2026年博士名額撿漏 +4 | 科研ya 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +3 | 馳光絕景 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +3 | 看看我. 2026-03-05 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600，一志愿鄭州大學(xué)，280分求調(diào)劑 +7 | Wuqi725 2026-03-05 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +6 | vuzhdkfjkx 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿西交化工專碩288專業(yè)課93求調(diào)劑 +6 | 好運(yùn)好運(yùn)接接 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 376求調(diào)劑 +3 | 王浩然sam 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286 +6 | ksncj 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 322分 085600求調(diào)劑，有互聯(lián)網(wǎng)+國金及主持省級(jí)大創(chuàng)經(jīng)歷 +6 | 熊境喆 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩材料275調(diào)劑 +9 | 路三三 2026-03-03 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085601 材料工程 320 +6 | 和樂瑤 2026-03-03 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西交大材料學(xué)碩 346 求調(diào)劑 +3 | zju51 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +7 | 張張張張oo 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +3 | sgbl 2026-03-03 | 3/150 |
|