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youxx189

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[求助] 用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請(qǐng)問可以看分子軌道嗎？已有1人參與

用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請(qǐng)問可以看分子軌道嗎？得到的chk文件轉(zhuǎn)化成fchk文件會(huì)造成數(shù)據(jù)丟失，在Gaussview里無法打開。

輸入文件：

%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge  test

absorption

0 1 0 1 0 1
C       26.8564499443,11.2974579201,22.535374973       L
C       26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631    L
C       25.079756231,12.9545921491,22.2751903325       L
C       24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214    L
C       24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816    L
C       25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336    L
H       27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637    L
中間略到好多原子
C       33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507    L
H       34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632    L
H       34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853    L
C       33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849    L
O       33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806    L
O       32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726    L

C H N O 0
6-31G**
****
Ir 0
LANL2DZ
****

Ir 0
LANL2DZ

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1樓 2020-06-21 14:58:44

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youxx189

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3樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大比如說上G大小了那轉(zhuǎn)換一般會(huì)內(nèi)存不夠用導(dǎo)致出錯(cuò)�？梢栽诃h(huán)境變量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把內(nèi)存調(diào)成可用4 GB應(yīng)該就能解決問題。 TD計(jì)算chk文件中的分子軌道的信息就是基 ...

謝謝老師    我加了環(huán)境變量還是報(bào)錯(cuò)
[youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80
rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8  00002b4517b60ac0
r9  00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206
r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001
r15 0000000000000000
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x453755]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445]
  formchk() [0x4509e9]
Aborted

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4樓2020-06-22 13:40:46

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4樓: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 00:40:46
謝謝老師我加了環(huán)境變量還是報(bào)錯(cuò)
$ module unload gauss/g09d01
$ module load gauss/g16a03
$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1O ...

這種錯(cuò)誤一般要么是 1. formchk命令調(diào)用的版本不是當(dāng)前計(jì)算出chk的高斯使用的版本。必須完全一致才可以
2. chk文件本身有問題。這個(gè)就再算一次單點(diǎn)能就可以了。td 的chk文件本身含有的波函數(shù)信息就是基態(tài)的，你重新計(jì)算一次單點(diǎn)能就可以不用重新算一次TD這樣省時(shí)間。
3. 高斯當(dāng)前的版本有bug，換個(gè)別的版本的高斯。

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5樓2020-06-22 14:02:45

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15樓: Originally posted by 理論計(jì)算萌新 at 2020-09-03 04:20:31
借一下樓，老師您好，我想得到得到激發(fā)態(tài)的HOMO-LUMO圖和數(shù)據(jù)，我用oniom得到激發(fā)態(tài)的結(jié)果后在怎么做單點(diǎn)計(jì)算，我之前是把qm分子坐標(biāo)拿出來做，但明顯不對(duì)，這樣就無法考慮分子間的作用力。圖一是我做的激發(fā)態(tài)的結(jié) ...

首先你截圖這倆先不考慮用不用ONIOM的區(qū)別其中一個(gè)是OPT 和 TD一起用也就是你在優(yōu)化第一激發(fā)態(tài)的幾何結(jié)構(gòu) 而另一個(gè)是在算一個(gè)基態(tài)的單點(diǎn)能這倆根本就不挨著。你首先搞清楚你要算的是什么你要的激發(fā)態(tài)是吸收光譜的第一激發(fā)態(tài)還是發(fā)射光譜的第一激發(fā)態(tài) (這倆區(qū)別就是它們的幾何結(jié)構(gòu)不同，吸收光譜的第一激發(fā)態(tài)就是基態(tài)的結(jié)構(gòu)，因?yàn)槭谴怪奔ぐl(fā)。而發(fā)射光譜的第一激發(fā)態(tài)是激發(fā)態(tài)自己的能量最低結(jié)構(gòu) 跟基態(tài)結(jié)構(gòu)是不同的。) 至于ONIOM算單點(diǎn)能就是一個(gè)普通的ONIOM計(jì)算不要加OPT關(guān)鍵詞也別加TD關(guān)鍵詞輸入文件里的結(jié)構(gòu)就用你之前優(yōu)化好的

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16樓2020-09-03 18:12:17

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17樓2020-09-03 18:12:23

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2樓2020-06-22 11:38:10

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3樓2020-06-22 12:03:37

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引用回帖:

3樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大比如說上G大小了那轉(zhuǎn)換一般會(huì)內(nèi)存不夠用導(dǎo)致出錯(cuò)。可以在環(huán)境變量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把內(nèi)存調(diào)成可用4 GB應(yīng)該就能解決問題。 TD計(jì)算chk文件中的分子軌道的信息就是基 ...

重算了一次，用新的chk轉(zhuǎn)化的時(shí)候出現(xiàn)了下面的錯(cuò)誤

[youxx@mu01 host-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 host-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 host-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 host-abs]$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Read checkpoint file packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Write formatted file packing1_host_abs-a_ONIOM.fchk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 14:00:18 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000002912b, rsp 00007ffd1497a6d8, rbp 00007ffd1497a730
rsi 000000000000000b, rdi 000000000002912b, r8  00002b17996d2ac0
r9  00002b17996d2ac0, r10 00007ffd14979ae0, r11 0000000000000206
r12 0000000003a8bf68, r13 0000000003a8bf60, r14 0000000003a8bf50
r15 0000000000000002
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b17998a86d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b1799ded547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x48e188]
  formchk() [0x48cf51]
  formchk() [0x453731]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1799dd9445]
  formchk() [0x4509e9]
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6樓2020-06-22 14:04:10

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6樓: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 01:04:10
重算了一次，用新的chk轉(zhuǎn)化的時(shí)候出現(xiàn)了下面的錯(cuò)誤

$ module unload gauss/g09d01
$ module load gauss/g16a03
$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Read checkpoi ...

輸出文件 .log 發(fā)上來看看

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7樓2020-06-22 14:27:55

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7樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 14:27:55
輸出文件 .log 發(fā)上來看看...

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附件 1 : packing1_host_abs-a_ONIOM.log

2020-06-22 15:21:45, 883.99 K

8樓2020-06-22 15:22:09

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+3 2020-06-22 16:16:19

引用回帖:

8樓: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 02:22:09
好的已上傳...

你的輸出文件明明顯示是用G16 C01計(jì)算的。但是你為什么要加載G16 A03去進(jìn)行formchk？這肯定不行的呀。你要注意版本要 一模一樣。

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9樓2020-06-22 16:00:13

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9樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 16:00:13
你的輸出文件明明顯示是用G16 C01計(jì)算的。但是你為什么要加載G16 A03去進(jìn)行formchk？這肯定不行的呀。你要注意版本要一模一樣。...

非常感謝老師，我一定銘記于心！
chk文件已轉(zhuǎn)換成fchk文件
fchk文件用GaussView打開，顯示有問題，請(qǐng)問這是什么原因�。�

1592817157(1).jpg

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10樓2020-06-22 17:18:06

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