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科爾夫斯基新蟲 (初入文壇)
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[交流]
想問一下老師:甲基化測序是否需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)?一般多少個合適呢? 已有4人參與
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| 想問一下老師:甲基化測序是否需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)?一般多少個合適呢? |
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
鐵蟲 (初入文壇)
金蟲 (正式寫手)
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曾經(jīng)有一篇文章討論過這個問題,主要觀點如下, 二代測序及基因芯片技術(shù)使得過去的十多年涌現(xiàn)出大量關(guān)于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人員沒有注意到,基因表達的異質(zhì)性不僅僅是由技術(shù)誤差導(dǎo)致的;虮磉_是一個相對隨機的過程,同一類型樣本中的不同個體,基因的表達可能會不一樣。一般來說,基因表達的異質(zhì)性(Var(Expr))可以被分解為以下三個部分: Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。 Across Group Variability即由于不同的處理或不同的細胞類型等導(dǎo)致的表達水平差異,即通常所說的組間差異。例如,腫瘤樣本與正常樣本之間的表達差異。 Measurement Error指實驗或測序過程中的技術(shù)誤差。技術(shù)誤差會導(dǎo)致一定的基因表達異質(zhì)性,但其可以通過對同一樣本進行多次實驗/測序(即技術(shù)重復(fù))來消除。 Biological Variability指同一分組的不同樣本之間的表達差異。即使排除掉Measurement Error,這種樣本間的表達差異也是存在的,即無法通過測序來消除Biological Variability。 在實驗設(shè)計中,如果關(guān)注的是組間差異(Across Group Variability),那么Measurement Error和Biological Variability就會成為影響分析結(jié)果的因素。 Measurement Error可以通過技術(shù)重復(fù)來消除,但是Biological Variability為何不能通過測序來消除。因此只要你關(guān)注組間差異,不論是哪種測序數(shù)據(jù)都需要重復(fù)樣本。具體關(guān)于甲基化的數(shù)據(jù),你可以去檢索一下易基因的公眾號,他們專門做甲基化的,我記得里面有專門的文章解讀了需不需要重復(fù)的問題 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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